Существенное обновление материальной базы УТК произошло в 1999 г. Санкт-Петербургским ОКБ «Электроавтоматика» был разработан и поставлен на войсковые испытания новый тренажер «Рефрен-Н», позволяющий выполнять групповой или автономный «полет» по одному или разным маршрутам с применением авиационного вооружения с шести рабочих мест. В настоящее время в лаборатории развернуты уже три комплекта таких тренажеров, в том числе и новейшая модификация «Рефрен- НМ». В том же 1999 г, была образована лаборатория Дальней авиации с двумя стендами-тренажерами самолета Ту- 22М и одним – Ту-95МС; в лаборатории проводятся практические занятия по дисциплинам «Аэронавигация» и «Боевое применение средств поражения» с курсантами-штурманами по профилю «дальняя авиация». Лаборатория фронтовой бомбардировочной авиации также основана в 1999 г. и оборудована стендом-тренажером ПНС-24М; кроме того, за лабораторией закреплены два самолета Су-24, на которых проводятся ознакомительные занятия с курсантами. В настоящее время готовится к установке макет кабины самолета Су- 24М. В 1999 г. для лаборатории ВТА из Пермского ВАТУ был перебазирован, а потом введен в строй комплект оборудования ПНПК-76 «Купол» самолета Ил-76.
Лаборатория истребительной авиации основана в 1999 г. В ней установлены тренажеры типа «Рубин-1 А», оборудован класс авиационного оборудования учебного самолета Ту-134Ш, в котором проводятся практические занятия по дисциплине «Конструкция и эксплуатация авиационной техники». Продолжается разработка тренажера самолета МиГ-31. На этом тренажере можно выполнять групповой «полет» отрядом из четырех самолетов с отработкой элементов группового воздушного боя.
По сложившейся традиции должность заместителя начальника УТК периодически занимают офицеры из числа ветеранов боевых действий. Так до 2003 г. заместителем начальника УТК был ветеран боевых действий в Афганистане майор Афонин А.В., а с 2005 г. заместителем начальника УТК стал ветеран боевых действий в Таджикистане и Чечне майор Смирнов А.Е.. В настоящее время Учебно-тренировочный комплекс является самым большим подразделением Учебного отдела, на плечи которого, в связи с окончанием сроков всех ресурсов имеющейся авиационной техники, в ближайшие годы, ляжет основная задача по подготовке курсантов- штурманов,
В настоящее время курсанты сведены в 1-й и 2-й батальоны. Основной формой практического обучения курсантов в Челябинском ВВАУШ, всегда были тренажерная и летная подготовки. Практической разработкой новых программ летного обучения занимается штурманская служба училища. Совместно с руководителями штурманской службы задачу по непосредственному летному обучению курсантов решает и подчиненное службе подразделение – инструкторская группа. В ее состав по традиции входят наиболее подготовленные и опытные штурманы-инструкторы Челябинского ВВАУШ. Начальником инструкторской группы с 2000 г. является подполковник Постников А.В. Полеты курсантов УВВАУШ обеспечивает полигонная служба училища в составе двух полигонов: Сафакулево и Ертарский.
