В связи с переформированием с 1 января 1997 года Управления Командующего резерва и подготовки кадров в Управление Военно-Воздушных Сил Приволжского военного округа, Челябинское военное авиационное училище штурманов включено в состав ВВС ПриВО. В 1997 учебном году в училище проходили летное обучение 321 курсантов- штурманов 4 и 5 курсов, из них 128 курсантов 4 курса, 193 курсанта 5 курса, средний налет за период обучения составил 51 час и 120 часов, соответственно. Подготовка осуществлялась в соответствии с Курсом учебно- летной подготовки. 75 курсантов прошли войсковую стажировку и летную практику с 9 января по 24 апреля 1997 г. в частях ВВС РФ. По результатам стажировки средний налет на курсанта составил 100-120 часантов по профилю истребительной авиации ПВО на базе самолёта МиГ-31.
В 1998 г. Челябинское высшее авиационное Краснознаменное училище штурманов имени 50-летия ВЛКСМ переименовано в Краснознаменный филиал Балашовского военного авиационного института. До 1998 г. 604-й уап учебный авиационный полк работал составом 2-х авиационных эскадрилий, в июне была сформирована третья авиационная эскадрилья на самолетах Ту- 134ш.
Из-за сокращения лимита топлива летом 1999 г. была выполнена корректировка плана летной подготовки и пересмотрена программа летного обучения курсантов, но даже ее не удалось выполнить. Общий налет филиала составил 24% от запланированного. Основной причиной невыполнения плана летной подготовки явилось опять-таки сокращение поставки топлива.
В 2000 г. ситуация еще более обострилась: на 3-м курсе общий налет на курсанта планировался 21 ч. Из 15 летных групп полеты выполнили лишь три, да и то со средним налетом 1 час 30 мин. На 4-м курсе общий налет на курсанта планировался 42 часа, средний налет по факту составил 1 час 40 мин. На 5-м курсе общий налет на курсанта планировался 120 часов, средний налет составил 21 час 54 мин. 116 курсантов проходили обучение и аттестацию в филиале, из них 24 курсанта профиля ПВО имели общий налет 202 часа и прошли теоретическое переучивание на самолет МиГ-31 в 148-м ЦБП и ПЛС.
В том же году впервые на базе вуза состоялся VIII Всероссийский авиационно-космический конкурс учащихся общеобразовательных школ-интернатов с первоначальной летной подготовкой и школ юных космонавтов.
В период 1999 – 2000 гг. училище посетили Министр обороны Российской Федерации Иванов С.Б., начальник Генерального штаба Вооруженных сил РФ генерал армии Квашнин А.Н. (дважды), главнокомандующий ВВС генерал армии Михайлов В.М. К этому времени вырос научный потенциал преподавательского состава училища, который в настоящий период составляет более 55%, активизировалась работа по проведению научных исследований по вопросам совершенствования учебного процесса и боевой подготовки войск. Подготовлено и выпущено 710 штурманов-инженеров. Из них 6 человек окончили училище с золотой медалью, 31 – получили диплом с отличием.
