Формирование новой финансовой губернской структуры отнимало у председателя Казенной палаты много сил. Обсуждение важных хозяйственных вопросов порой затягивалось далеко за полночь. В журналах заседаний сохранились отметки, когда обсуждать вопросы начинали в 8 часов вечера, а окончательное решение выносили только в 2 часа ночи. Организовать новые окружные казначейства в таких маленьких заштатных городишках, как Канск, Минусинск, Ачинск, было очень хлопотным делом. Во-первых, не хватало грамотных чиновников, а главное, в этих городах создать хоть какую-то сносную материальную базу было архисложно. Не случайно в первые месяцы своей деятельности окружные казначейства арендовали церковные помещения. В финансовой практике Российской империи организация окружных казначейств была «пилотным проектом», родоначальником этого эксперимента стал М. М. Сперанский, понимавший всю сложность сибирской жизни не понаслышке. Чрезвычайно важно было организовать сбор средств и их хранение в каждом округе губернии, избегая длительных транспортировок при плохих дорогах и суровых климатических условиях.
Только 28 марта 1823 года губернатор Александр Петрович Степанов вступил в должность во вверенной ему губернии. Уже через три дня он сделал свое первое распоряжение. В нем он подчеркивал, что деятельность палаты принимает в должное уважение, каковой лестный отзыв доводит до ее сведения. Однако губернатор был недоволен тем, что он не может быстро получить от нее нужных ему сведений, поэтому просил председателя палаты Афанасьева «доставить к нему наискорее подробную записку о тех предметах, которые нужны для его сведения» (ГАКК, ф. 160, оп. 3, д. 3, л. 48 об.).
Деловые отношения Афанасьева с губернатором Степановым складывались непросто. Ни одного важного хозяйственно-финансового вопроса без участия председателя Казенной палаты Степанов решить не мог. Видимо, на этой почве между двумя высокопоставленными чиновниками и возникали постоянные трения. Хотя губернатор и считался хозяином региона, «но в том самом месте, где именно соединяются и ведаются хозяйственные части, в Казенной палате, губернатор мог иметь только одно случайное участие» (Обозрение главных оснований местного управления Сибири. — СПб., 1841. — С. 44). Эта ситуация хорошо была известна генерал-губернатору Восточной Сибири А. Лавинскому, который высоко ценил деловые качества председателя Енисейской Казенной палаты, и чтобы разрядить эти нездоровые отношения, он часто вызывал Афанасьева в Иркутск, где загружал статского советника решениями других вопросов, не связанных с Енисейской губернией. Временно руководить Енисейской Казенной палатой всегда поручалось асессору Семенову.
