В это же ерем я велись исследования прочности отдельных элементов и узлов самолета, включая отсеки крыла и киля. Создавались и испытывались опытные сотовые конструкции из нержавеющей стали и алюминия. В лаборатории прочности ЦАГИ шли статические испытания шасси, системы управления оперением, различных замков, испытания образцов на повторные нагрузки и т.д. Создавались летающие лаборатории для испытания двигателей М16-17, системы управлений, противопожарного оборудования, системы наддува и вентиляции скафандров экипажа. В частности, в марте-апреле 1959 г. самолет ЗМ №0201 был оборудован для испытаний электродистанционной системы управления двигателя м и, и с 28 мая по 20 июня на нем выполнили 6 полетов общей продолжительностью 16 ч 45 мин. На опытном самолете ДМ №0003 в течение 1959 г. было выполнено 11 полетов с налетом 29 ч, в ходе которых проверялась работа телеметрии, автомата продольной управляемости, скафандров СИ-5 и других комплектующих изделий. Самолет М №0001 использовался в качестве наземной лаборатории, на нем проводились испытания лыж для подкрыльных опор шасси и пневматике в высокого давления для основных. В НИИ авиационной медицины будущие пилоты М-50А тренировались работать в скафандрах.
В начале мая 1959 г. М-50А официально передали на наземные испытания. Почти месяц работники ЛИиДБ мясищевской фирмы проверяли в Жуковском работоспособность его отдельных систем, не выводя самолет на летное поле. Выявив и устранив в статических условиях ряд недостатков, они подготовили М-50А к рулежкам. Таковых с 28 мая по 15 июня было выполнено всего пять, но они вскрыли неожиданно большое количество дефектов бортового оборудования. Часть недостатков удалось устранить силами технического состава, но другая потребовала изменения конструкции отдельных агрегатов. Ничего не поделаешь - пришлось мяси-щевцам основательно «перепахать» ряд систем, например, ввести дублирование питания гидросистемы от энергоузлов, изменить принцип гашения автоколебаний передней опоры шасси, электрическую систему уборки подкрыльных опор заменить на гидравлическую, внести изменения в конструкцию всех опор шасси и т.д. В то же время, двухступенчатые приводы генераторов а энергоузлах, насосные станции и гидравлические агрегаты, средства спасения, система управления двигателями и отдельные механизмы системы управления самолетом были сняты с борта и «доводились до ума» их заводами-поставщиками. В конце третьего квартала все это оборудование было вновь установлено на самолет и опробовано в работе.
