Папа также признал Великого Магистра независимым, свободным князем, предоставив ему соответствующие привилегии и почести. Эти права Ордена были еще раз подтверждены папой Пием II (1458–1464 гг.) и папой Иннокентием VIII (1484–1492 гг.).
Владычество над Родосом вновь продемонстрировало двойственную природу Ордена: как религиозного ордена и одновременно как светского субъекта международного права, что и определяет то особое положение, которое Орден сохранил до сегодняшнего дня. Подчиненный в духовных вопросах Святому Престолу, Орден был, тем не менее, совершенно независим в решении политических и светских вопросов, как от Святого Престола, так и от западноевропейских христианских сеньоров. Итак, владение Родосом было поводом, но не причиной эмансипации Ордена в качестве наднациональной организации в общности народов и государств Западной Европы, определившей для него то особое место, в соответствии с которым он в течение нескольких веков является членом международно-правовой общности.
Флот иоаннитов
Находясь на Родосе, иоаннитские рыцари создали великолепный военный флот, переняв лучшие достижения моряков всего мира. Были построены большие галеры с обшивной броней и пятьюдесятью гребцами в двух рядах. На не зависящих от ветра галерах кроме нескольких рыцарей было 50 матросов и 200 солдат. Иоанниты применяли знаменитый "греческий огонь". Их самый большой корабль, построенный в XV веке — "Святая Анна" — по праву считался первым броненосцем. Иоанниты продолжали воевать как с турками, так и с мамелюками, совершая рейды на сирийское и ливанское побережье.
В 1310 г. флот родосских рыцарей разгромил у острова Аморгоса, находившегося в 150 километрах от Родоса, турецкую флотилию нового Османского — государства, образованного в 1299 г. Осман-беем и Орхан-беем. Через восемь лет флот иоаннитов повторил свой успех, выиграв у острова Хиос свое очередное морское сражение у турецкого флота, состоявшего из восьмидесяти судов. Еще через год, в 1320 г., турецкий десант на 80-ти кораблях попытался высадиться на Родосе, но на подходе к острову 30 кораблей родосских рыцарей разгромили и рассеяли турок.
6 сентября 1332 г. Византия, Венеция и родосские рыцари подписали договор о совместной борьбе с турками, рвавшимися на запад. В сентябре 1344 г. флот родосских рыцарей участвовал во взятии объединенным флотом союзников сильной крепости Смирны, принадлежавшей турецкому эмиру Умур-паше. В 1334 г. к договору присоединились Кипр, Франция и Папская область, но дальше дело не пошло — в декабре 1344 г. альянс распался. Флот иоаннитов же в 1347 г. разгромил при острове Имроз турецкий флот из 100 судов, а в 1360 г. был образован новый союз родосских рыцарей с Венецией и Кипром против турок.
