Верховную власть Ордена осуществлял Священный Капитул, в первое время созывавшийся Великим Магистром раз в 3 года. Капитулу подчинялся постоянный Совет (consiglio ordinario), состоящий из Великого Магистра, восьми столпов, провинциальных приоров и капитульских бальи и осуществлявший управление Орденом.
Великий Магистр совместно с восемью столпами — начальниками Наций (Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии) руководил Советом и Священным Капитулом Ордена.
Великий Командор (он же казначей) — столп Прованса — считался первым заместителем Великого Магистра ("потому что Герард, основатель Ордена, как некоторые утверждают, был из Прованса").
Великий Госпитальер (или гостеприимник) — столп Франции — ему надлежало нести ответственность за госпитали, врачей, ухаживающий персонал и приобретение медикаментов.
Великий Консерватор (или драпиер) — столп Арагона — был интендантом; в его обязанности входил также контроль ежегодных выплат рыцарям на их личные потребности.
Великий Канцлер — столп Кастилии — являлся министром иностранных дел, готовил все декреты и решения правительства Ордена и вместе с Великим Магистром подписывал их. Он также руководил государственным архивом.
Великий Адмирал — столп Италии — осуществлял командование всеми морскими судами Ордена, офицерами и рядовым составом экипажей, а также наемниками, служащими на кораблях. Снабжение вооруженных сил находилось в совместной компетенции Адмирала и Великого командора.
Великий Маршал — столп Оверни — командовал пехотинцами и был председателем третейского суда, разрешавшим разногласия между рыцарями.
Туркополиер — столп Англии — командовал кавалерией, караульными войсками и вспомогательными силами Ордена.
Великий Бальи — столп Германии — отвечал за сохранность оборонительных сооружений, обеспечение боеприпасами и продовольствием.
Позднее, в XV веке, в Ордене была введена должность Главного санитара — Инфермерария, считавшаяся одной из самых главных.
Подобное конституционно закрепленное разделение высших постов между различными Нациями позволяло достичь умелой и действенной концентрации сил при одновременном учете национальных особенностей, что не в последнюю очередь способствовало усилению Ордена.
Процветающее, независимое от светских князей, признанное уже в 1309 г. папой Климентом V, орденское государство подтвердило свои права в 1448 г., когда папа Николай V признал полную юрисдикцию Ордена над его территорией, независимость Ордена от папы в вопросах управления, финансовых вопросах, право обмена посольствами с другими государствами, международно-правовую свободу договоров и действий, право чеканить монету и взимать налоги.
