Спустя неделю комиссия пришла к выводу о том, что бывший ГИРТ "находится на недопустимо низком уровне… в части научно-исследовательской и конструкторской работы". Были оформлены разгромные заключения по состоянию дел по основным направлениям работы института. Для самого Костикова, согласно написанному Ярославом Головановым жизнеописанию "Королев", дело закончилось привлечением к суду с вынесением сравнительно мягкого приговора.
После приобщения к наркомату авиапромышленности институт в соответствии с новым наименованием быстро переориентировался на решение задач создания реактивной авиации. В состав института в качестве филиала № 1 ввели авиационный завод №293, а Болховитинов был назначен первым заместителем начальника института приказом наркома авиапромышленности № 364 от 29 мая 1944г, по которому во главе института был поставлен Петр Иванович Федоров. Поликовского, объявив благодарность, послали руководить ЦИАМ.
Основные задачи института, получившего литерно-цифровое обозначение НИИ-1, были определены Постановлением ГКО № 5946 от 22 мая 1944 о разработке реактивных самолетов и двигателей. Этим документом предусматривалось создание модификаций Як-9, Ла-5 и Су-6 с ускорительным ЖРД РД-1, постройка "чисто ракетных" самолетов в ОКБ Яковлева и Поликарпова, экспериментального самолета Лавочкина с ТРД, а также истребителей с воздушно-реактивными моторокомпрессор-ными двигателями в ОКБ Микояна и
Сухого. В НИИ-1 в обеспечение этой программы велась работа по жидкостным ракетным двигателям Исаева и Душкина. На более дальнюю перспективу была ориентирована разработка турбореактивного двигателя А. Люльки.
На фоне всего этого собственно ракетная тематика начала отодвигаться на второй план - к концу года разработчики реактивных снарядов переместились в филиал №2 во Владыкино на бывшую территорию КБ В.М. Мясищева.
С другой стороны, по решению правительства институт был подключен к решению новых, намного более сложных ракетных задач - к сентябрю в НИИ-1 НКАП были доставлены обломки "Фау-2". Дальнейшее участие специалистов НИИ-1 в анализе образцов немецкой ракетной техники и соответствующей документации достаточно полно и ярко описано как в книге Голованова, так и в воспоминаниях заместителя Королева - Бориса Бвсеевича Чертока - "Ракеты и люди". Оба автора высказывают предположение о том, что нарком авиапромышленности Александр Иванович Шахурин, по горло занятый ликвидацией отставания в реакг тивной авиации, не проявлял заинтересованности в подчинении ракетостроения своему ведомству. Как показало дальнейшее развитие событий, озабоченность Шахурина была вполне оправдана - в начале 1946 года разгневанный вождь сменил его на Михаила Васильевича Хруничева.
