Возможно, все это и сошло бы Костикову с рук, не вступи он в конфликт со своим "замполитом" -парторгом ЦК ВКП(б) Фокиным. Оскорбленный заявлением директора и главного конструктора о том, что ему "не нужен такой парторг", Фокин 11 ноября 1943 года направил курировавшему авиапромышленность члену ГКО Георгию Максимилиановичу Маленкову жалобу на Костикова с предложениями освободить его от должностей как директора, так и главного конструктора (как неспособного сработаться ни с каким директором).
Для наведения порядка Фокин предложил передать институт в какой-нибудь наркомат, несколько пугающим, на современной взгляд, уточнением , что - "более подходящим будет НКВД", а также порекомендовал изъять из института создание ракетного самолета в целом, оставив только разработку ЖРД.
Высшие органы отреагировали на "сигнал" парторга ЦК. В попытке оправдания Костиков направил Вячеславу Михайловичу Молотову свои соображения по возможным путям исправления положения, коррекции технического курса института.
В них содержалось немало разумного - например, при сравнении жидкостных ракетных, воздушно-реактивных моторокомпрессорных и турбореактивных двигателей отмечалась наибольшая перспективность применения в авиации ТРД. Для обеспечения ускоренного развития реактивной техники предлагалось создание специального комитета во главе с достаточно полномочным руководителем - членом Государственного комитета обороны. Для эффективного использования перехватчиков с прожорливыми ЖРД предлагалось заблаговременно доставлять их на высоту боевого применения на подвеске под "авианосцами" (самолетами-носителями). Как известно, в дальнейшем эта идея была реализована применительно к экспериментальным самолетам с ЖРД.
Однако, все эти предложения уже не могли заинтересовать высшее руководство и 18 февраля 1944 года последовало Постановление ГКО №5201, по которому ГИРТ был преобразован в Научно-исследовательский институт реактивной авиации (НИИРА) и передан в систему Наркомата авиационной промышленности. Костиков лишался всех занимаемых должностей, во главе института ставился Владимир Исаакович Поликовский, а его заместителем по научной части назначался Генрих Наумович Абрамович.
Для рассмотрения состояния дел в бывшем ГИРТ была создана комиссия во главе с заместителем Наркома авиапромышленности А.С. Яковлевым, включавшая наряду с представителями промышленности также заведующего отделом ЦК ВКП(б), члена военного совета гвардейских минометных частей Льва Михайловича Гайдукова - инженера по образованию, человека, достаточно компетентного как в организационных, так и в технических вопросах.
