С началом вывода войск и уходом гарнизона из Кандагара штурмовики передислоцировались в Шинданд и Баграм. Еще одна эскадрилья базировалась в Кабульском аэропорту. К задачам Су-25 прибавились боевое охранение уходивших колонн и регулярное нанесение предупредительных ударов вдоль дорог: по данным разведки, вдоль трассы от Кабула к советской границе сосредоточились до 12 тысяч боевиков и более 5 тысяч подтянулись к дороге Шинданд-Кушка (в среднем 20 человек на каждый километр пути). С сентября 1988 г. штурмовики из Шинданда почти каждый день работали и в районе Кандагара, где под непрерывными обстрелами продолжал держать оборону аэродрома советский батальон. Передышка у десантников наступала только с появлением в небе Су-25. Под их прикрытием транспортным самолетам с «большой земли» доставляли боеприпасы, еду, увозили убитых и раненых.
Обстрелы, ставшие обычным делом (только на Кабул в 1988 г. обрушились 635 ракет), не обошли и штурмовиков. Июньской ночью в Кандагаре ракета попала в только что полученный с завода Су-25, под крылом которого висели восемь С-24. Потушить его оказалось невозможно - в огне взорвался боекомплект, сработало и улетело кресло, разлетались ловушки, с шипением уходили в темноту ракеты, полосуя металлический настил стоянки стабилизаторами. При очередном артналете на Кабульский аэропорт в сентябре 1988г. на стоянках сгорели 10 Су-25 и еще две машины получили серьезные повреждения. Всего за последний год войны от ПВО моджахедов, обстрелов аэродромов и в летных происшествиях штурмовики потеряли 16 самолетов. Последние два Су-25 были уничтожены в январе 1989 г. У одного из них на подходе к Шинданду отказал двигатель, летчик катапультировался и был спасен, другой Су-25 сбили ракетой над поселком Пагман вблизи Кабула, его пилот погиб. Всего за афганскую войну не вернулись из боя 8 летчиков-штурмовиков.
Закрывая афганскую эпопею, Су-25 приняли участие в начавшейся 23 января 1989 г. операции «Тайфун» - серии массированных ударов, имевших целью «нанесение возможно большего ущерба силам оппозиции в центральных и северных районах страны». Накануне удалось остановить бессмысленные бои, заключив перемирие с местными старейшинами и Ахмад Шахом. Масуд обещал, что не тронет ни одного уходящего советского солдата, и его люди даже помогали вытягивать буксующие в снежных заносах машины (сообщали и о случаях «совместного распития с ахмадшаховцами «кишмишов-ки»). И все же напоследок «шурави» решили показать силу - произвели мощнейшие артобстрелы придорожных районов, выпустили по площадям 92 тактические ракеты «Луна-М», а авиация за 24-25 января выполнила более 600 самолетовылетов и нанесла 46 БШУ, перемолотивших окрестные горы и долины. Масуд на огонь отвечать не стал, и в последние дни января штурмовики покинули афганские аэродромы.
