Главный конструктор самолета В.П.Бабак несколько раз сам вылетал в ДРА, а один из изувеченных Су-25 с развороченным двигателем и следами пожара доставили в ОКБ. В большинстве случаев ракеты взрывались снизу-сбокудвигателей, разрушившиеся турбина и компрессор шли вразнос, и летевшие во все стороны лопатки рубили все на своем пути хуже осколков. Чтобы изолировать поврежденный двигатель, защитить фюзеляжные отсеки и топливную арматуру от пожара, с самолета сер. № 09077 по бокам мотоотсеков между шпангоутами 18-21 и 21-25 установили стальные 5-мм экранирующие плиты и защитные маты из стеклоткани. Титановые тяги управления двигателем заменили на жаропрочные стальные, изменили прокладки топливных трубопроводов, укрыв их за экранами, а для предупреждения взрывов при утечках ввели автоматическую отсечку топлива при включении пожарной системы, защитив ею и хвостовую часть фюзеляжа с электрооборудованием и проводкой управления. Для обдува двигательного отсека и охлаждения сопел на мотогондолах установили воздухозаборники. В комплексе доработок смонтировал и бронешторки фонаря и дополнительную бронеплиту, прикрывшую АСО- бывали случаи, когда автоматы отстрела выбивало осколками, и самолет оказывался беззащитным. Общая масса защиты Су-25 достигла 1100 кг, составив 11,5% массы конструкции. Штурмовики с повышенной боевой живучестью («Су-25 с ПБЖ») стали поступать в Афганистан в августе 1987 г.
Для снижения риска поражения с конца 1986 г. летчикам запретили опускаться ниже 4500 м, но этот приказ противоречил самому «стилю работы» штурмовиков и часто ими нарушался. А.В.Руцкой, согласно характеристике - «сильный летчик и волевой командир», имел два взыскания за нарушение ограничения, а его Су-25 нес 39 пробоин. Для меньшей уязвимости на взлете и посадке штурмовики стали использовать крутые траектории, применяя для резкого снижения воздушные тормоза и почти парашютируя на полосу. Уход на второй круг считался уже серьезной виной - в окрестной «зеленке» могли поджидать вражеские стрелки. 21 января 1987 г. взлетевший из Баграма Су-25 ст.л-та К.Павлюкова был сбит «Стингером» из засады. Летчик катапультировался, но в наступивших сумерках поисковые вертолеты не смогли его отыскать. Раненый пилот принял бой на земле и, израсходовав все патроны, подорвал себя гранатой.
Значительная часть повреждений боевых машин приходилась на грубые посадки из-за сложности маневра и большой скорости захода, требовавших повышенного внимания от возвращавшихся из боя измотанных несколькими вылетами летчиков. Редкий месяц обходился без аварий: штурмовики садились с минимальным остатком топлива, без выпуска закрылков и воздушных тормозов, задевали друг друга, не успевая вовремя отвернуть с полосы, теряли колеса и сносили шасси. Известно и немало случаев складывания передней стойки шасси при слишком жестком касании ВПП. Сожженные на посадке тормоза и разлетевшиеся пневматики были будничным делом и в иной день случались по несколько раз. 4 октября 1988 г. в Баграме севший до полосы Су-25 снес о ее бетонный порог все три стойки шасси, в облаке искр пронесся на брюхе, и остановился, стесав фюзеляж по самую бронекабину. Летчик, не получивший даже ушибов, выбрался из останков штурмовика и отправился «сдаваться» в штаб.
