Работая парой, штурмовики стали распределять обязанности следующим образом: ведущий атаковал цель, а ведомый следил за местностью, с ходу нанося удар по обнаруженным вспышкам «сварки». Для защиты от огня сверху, под который самолеты попадали в ущельях и на виражах, летчики стали получать титановые бронешлемы, однако тяжелые «котелки» не прижились у пилотов, предпочитавших хороший обзор и свободу действий.
На помощь штурмовикам пришли новые типы боеприпасов, сочетавшие высокую поражающую способность с большой прицельной дальностью, позволявшей работать по цели, не входя в зону ПВО. На Су-25 стали применять крупнокалиберные 122-мм ракетные блоки Б-13Л с дальностью пуска до 4000 м. Они снаряжались осколочно-фугасными НАР С-13-ОФ, по мощности и убойной силе на порядок превосходившими С-8, и С-13 с проникающей БЧ, прошибавшей трёхметровый слой земли и камней над укрытиями. Тяжелым НАР С-25-ОФ и ОФМ с двухсоткилограммовой БЧ «по зубам» были и прочные, хорошо защищенные сооружения - крепости, огневые точки в скалах и укрепления. Надежные и неприхотливые С-25 при снаряжении самолета были не сложнее обычных авиабомб. Пусковые трубы с ракетами штабелями лежали на аэродромах, и для их подготовки достаточно было сорвать оберточную бумагу и ввернуть взрыватель. Применялись и подвесные установки СППУ-22-01 с подвижными пушками ГШ-23. Во время высадки десанта на базу Джавара в апреле 1986 г. четверка Су-25 поливным огнем СППУ по склонам ущелья расчищала дорогу подходившим вертолетам. Ни один Ми-8 с десантом не был потерян.
В апреле того же года Су-25 Руцкого и комэска Высоцкого, атакуя вырубленные в скалах под Хостом склады, впервые применили управляемые ракеты, которые могли запускаться с безопасных удалений и высот. При использовании радиокомандных Х-23 летчику было сложно самому отыскивать цель и управлять ракетой, следя за ее полетом. Поэтому наиболее практичными оказались Х-25 и Х-29Л с лазерным самонаведением, подсветку цели для которых с помощью бортового дальномера-целеуказателя «Клен-ПС» мог вести и другой штурмовик, но лучшие результаты давала помощь наземного наводчика, хорошо знающего местность. Первое время наземные лазерные целеуказатели монтировались на БТР и БМП импровизированно, затем ихсменили штатные боевые машины авиационного наведения (БОМАН) на базе БТР-80, на которых система была укрыта под броней и выдвигалась наружу при работе.
Противник быстро оценил значение необычно выглядевших машин и старался расстрелять их в первую очередь. После нескольких особенно удачных пусков, когда ракеты накрыли штабы и исламские комитеты, охота на БОМАН началась на дорогах и стоянках, заставляя прятать машины за колючей проволокой и минными заграждениями хорошо охраняемых аэродромов.
