В момент нападения Германии на Советский Союз 95-й СБАП базировался сравнительно далеко от границы - на аэродроме Калинин и не испытал на себе тех сокрушительных ударов, которые обрушились на многие авиачасти приграничных военных округов. 6 июля полк вошел в состав ВВС Западного фронта. Хотя экипажи неплохо освоили свои машины, но общая тяжелая обстановка не замедлила сказаться. Уже в августе 95-й СБАП, лишившийся материальной части, вывели на переформирование. Конец августа и почти весь сентябрь личный состав переучивался на Пе-3. Стрелки-радисты были откомандированы в другие части. Штурманы усиленно занимались радиоделом, ведь связь в полете стала теперь их заботой. Летчики задумывались над новой истребительной тактикой. Кому-кому, а им, уже побывавшим в боях и вполне оценившим достоинства и недостатки «пешки», было ясно, что рассчитывать на успех боевого применения Пе-3 можно было лишь в случаях, когда объектами атак станут менее скоростные бомбардировщики и разведчики противника.
Рассматривались различные способы боевого применения Пе-3 - от барражирования парами в качестве своеобразных наблюдательных пунктов, уничтожающих самостоятельно отдельные вражеские машины и немедленно вызывающих подкрепление в случае подхода больших сил противника, до лидирования и наведения по радио одномоторных истребителей. В последнем случае легко просматривалось родство идеи с военно-морской концепцией корабля-лидера, возглавляющего атаку «легких сил». Морская терминология была принята в Германии, где такие самолеты назывались zerstorer (эсминец), и в Голландии, авиационные специалисты которой выдвинули концепцию «летающего легкого крейсера».
Нетрудно было заметить, что благодаря сравнительно большой дальности полета Пе-3 хорошо подходил на роль скоростного разведчика. Недостаток защитных свойств вполне компенсировался обычной для российской осени облачностью, которой экипаж мог воспользоваться в случае необходимости.
Приказом Командующего ВВС от 25 сентября 1941 г. 95-й СБАП был преобразован в истребительный авиационный полк (ИАП), имеющий по штату 40 Пе-3 (это было необычно, поскольку в тот период времени большинство полков переводились на 20-самолетный штат). Тем же приказом полк включили в состав 6-го истребительного авиакорпуса ПВО, прикрывавшего Москву. Спустя несколько дней шестерка Пе-3 под командованием капитана А.Жатькова вылетела на первое боевое задание в роли истребителей сопровождения. Группа прикрывала на маршруте транспортные С-47 английской военной делегации, направлявшейся из Вологды в Москву. Двухмоторные истребители отбили три попытки немцев атаковать «Дугласы» и без потерь вернулись на свой аэродром.
