Плохо было отработано взаимодействие экипажей с операторами КПН, которые часто выводили истребители на противника в невыгодном для атаки положении: на встречных или пересекающихся курсах, когда цель оказывалась сбоку, а то и сзади перехватчика. Только за сентябрь 1944 г. ошибки операторов 7 раз срывали перехват немецких бомбардировщиков. Так, 19 сентября офицер КПН, организуя поиск двух немецких самолетов, перепутал позывные и своими командами увел «Бостоны» старших лейтенантов Долгова и Суровцева в противоположные от цели стороны более чем на 120 км. 11 сентября самолет младшего лейтенанта Зенина разошелся с Не 111 на встречном курсе настолько близко, что советский летчик успел открыть огонь, уже проскакивая мимо. Развернувшись для повторной атаки, он не сумел обнаружить противника, успевшего уйти за пределы действия «Гнейс-2».
Малая результативность перехватов также обуславливалась недостаточной в ряде случаев скороподъемностью, маневренностью и скоростью «Бостонов», которой не хватало для атаки на попутных курсах, наиболее выгодных для использования «Гнейс-2». Даже при разнице в скорости с преследуемым в 100 км/ч на догон с расстояния 20 км требовалось 12 минут, в течение которых противник в большинстве случаев уходил из зоны наведения.
«Бостон» проигрывал обычным истребителям и во времени реагирования, необходимом для запуска двух моторов. Это осложнялось «местным колоритом»: хотя двигатели и были оборудованы электроинерционными стартерами, запускать их предписывалось вручную, что предусматривалось конструкторами в качестве аварийного варианта. Аккумуляторы решено было беречь, и механики, вставив «ручку дружбы» в гнездо на капоте, раскручивали сначала один мотор, а потом и второй. В результате, даже если самолет противника находился 10 мин в зоне действия КПН, этого времени не хватало для взлета, набора высоты и наведения. 15 сентября 1944г. Не 111 вышел прямо на аэродром базирования, и отличная возможность сбить его была упущена только потому, что дежурный «Бостон» младшего лейтенанта Волкова смог взлететь по тревоге только через… 24 мин.
Летчики, пришедшие в полк с бомбардировщиков и транспортных самолетов, не имея необходимого истребительного опыта и навыков воздушного боя, уступали в выучке немецким асам-ночникам - элите «люфтваффе». Так, 7 сентября атакованный «Бостоном» лейтенанта Крюкова немецкий самолет (очевидно, оборудованный станцией предупреждения об облучении) сразу после включения «Гнейс-2» стал энергично маневрировать, отворачивая в стороны, и крутым виражом оторвался от преследователя. Для исправления положения инспектировавший 56-ю ИАД генерал-майор П.Я. Федрови предложил даже передать в полки несколько Як-9 для отработки техники пилотирования и улучшения стрелковой подготовки.
