Громадные толпы пьяных стрельцов ворвались в Кремль. Наталья Кирилловна бросилась к образам, губы её в отчаянии едва шевелились, и скорбные звуки никак не слагались в слова молитвы. Толпа на площади ревела о смерти Иоанна. Думные бояре, заседавшие в Кремле, решили немедленно показать обоих братьев разъярённым бунтовщикам. Доведённая до отчаяния царица в сопровождении патриарха вывела обоих сыновей на Красное крыльцо. Шестнадцатилетний больной Иоанн дрожал от испуга, его загноившиеся подслеповатые глазки моргали от напиравших слез. Пётр смотрел смело, и лишь подёргивание лицевого нерва указывало на сильное внутреннее потрясение.
Однако пьяную толпу легко спровоцировать на беспорядки, но трудно успокоить. После небольшого затишья агенты Софьи стали требовать выдачи изверга Ивана Нарышкина, который глумился над царевичем. Бунтовщики снова бросились штурмовать Красное крыльцо. Их попытался остановить князь Долгорукий, однако безумная толпа пронзила десятками копий грузное тело князя, и ручьи крови обагрили ступени. Это была первая жертва кровавого бунта. Два дня лютовали бунтовщики в Москве, убивая и грабя жителей. Нарышкины были разгромлены — страшной смертью погибли Матвеев, Иван Кириллович. Царица заперлась с сыном во дворце, дрожа от страха.
Любимый начальник стрельцов, Хованский, передал думе просьбу — видеть на престоле обоих братьев. Но по болезненному состоянию старшего царя и по малолетству второго управление передавалось Софье. По правилам приличия долго отказывалась царевна от оказанной ей чести, а потом не выдержала да и повелела имя своё писать с именами государей, ограничиваясь титулом «великой государыни, благоверной царицы Софьи».
Трудно власть завоевать, но ещё труднее её удержать. Последующие пять лет прошли в борьбе со стрелецкой вольницей. Разбуженная самой Софьей, толпа долго не желала утихать, почувствовав свою силу. Снова царице пришлось пойти на хитрость, снова проливать реки крови, хотя образованная и неглупая, она понимала, что долго «сидеть на штыках нельзя». Её взоры уже устремлялись на Запад, Софья уже была близка к реформам, к желанию вытащить Русь из болота рутины, но руки у неё оказались связанными внутренней смутой.
Князь Хованский, испытывавший влияние крупного раскольника Никиты Пустосвята, требовал назначения прилюдных споров о вере. Для Софьи, выросшей на никонианских реформах, возвращение к старому было неприемлемо, но отказать впрямую всесильному начальнику стрельцов она не могла. Пришлось прибегнуть к провокации. С помощью верного Василия Голицына, роман с которым разгорелся с новой силой, она заманила Никиту Пустосвята в Грановитую палату, где и прошла дискуссия священника-раскольника с патриархом. Причём Софья грубо вмешивалась в разговор духовных лиц и в конце обвинила Никиту в рукоприкладстве. Через несколько дней священник был схвачен, обвинён в покушении на патриарха и казнён. Оставалось расправиться с «псом», который когда-то оказал Софье неоценимую услугу, возведя её на престол, — с Иваном Андреевичем Хованским.
