С присущим ей коварством она осуществила ещё одно грязное убийство, которое могло стоить ей самой жизни. Под Новый год, а этот праздник в то время на Руси праздновался 1 сентября, царский двор укатил в Коломенское. Народ волновался, такого никогда не бывало, чтобы государи покидали своих подданных накануне торжественных дней. Софья же затаилась в Коломенском и пристально следила через верных слуг за Хованским. Ивану Андреевичу было предложено заменить царицу на традиционном молении в честь праздника — прекрасный повод обвинить князя в превышении власти. Однако Хованский учуял расчёт царицы, но уберечься всё-таки не смог. По её приказу он вынужден был выехать в Коломенское, где и нашёл свою смерть.
На место бывшего начальника стрельцов Софья назначила преданного, но очень недалёкого Федора Леонтьевича Шакловитого. Высокий, стройный, с выразительными чертами лица, он отличался именно той энергетической красотой, которая так нравится женщинам. Ради него Софья отвернулась от своего прежнего возлюбленного Василия Голицына, который, не в пример Федьке Шакловитому, был мудрым и трезвым политиком. Не пылкая страсть связала князя Василия Васильевича много лет назад с царевной Софьей, а скорее тщеславие, желание обладать высокопоставленной особой. Но ум царицы, её сила надолго и прочно привязали Голицына, и теперь, когда Софья нашла себе нового любовника, Василий Васильевич искренне страдал. Трагедией обернулось для Софьи предательство единственного друга. Приближались решающие битвы за власть со взрослеющим Петром, а она осталась без опоры.
Наталья Кирилловна проживала в Преображенском. Изредка из села доходили сведения, что юный царь забавляется с потешными полками, много пьёт, дебоширит и вообще лишён всякой солидности, свободно сходится с простолюдинами. Софья все больше и больше убеждалась в том, что именно она, со своим умом необходима русскому государству.
Заговор, составленный царицей против Петра, не удался. Справедливости ради стоит сказать, что молодой Пётр вёл себя не слишком мудро, но в решающий момент возле него оказались опытные люди. Россия хотела видеть на престоле сильного энергичного правителя и с трудом смирялась с женской властью. Сказывались и многолетние русские традиции, и личное необаяние Софьи, неумение её ладить с приближёнными. Царицу постепенно предавали все — близкие бояре, стрельцы, патриарх. Когда Софья поняла, что поражение неизбежно, она решила запросить мира, но послы словно растворялись в Троицком, где Пётр спасался от провокаций царицы. Тогда Софья сама поехала на переговоры в монастырь, но её не пустили. Как бы ни была взбешена царица, оставшись совсем одна, она ясно увидела, что сопротивление бесполезно и поселилась в Новодевичьем монастыре.
