Алексей Михайлович умер неожиданно, практически безболезненно. Первым чувством, пронзившим Софью, было ощущение потери чего-то близкого, но вместе с ним явилось и предательское облегчение, словно струя свежего воздуха ворвалась в душную запертую комнату. Государем стал брат её Федор, моложе её тремя годами, больной, слабый и очень подверженный влиянию сестры. Софья постепенно, но с удовольствием вникала в дела государства, завела доселе не практиковавшийся порядок — она, женщина, присутствовала на царских докладах, а со временем без стеснения, прилюдно стала давать собственные распоряжения. Многие при дворе начинали понимать, кому принадлежит здесь реальная власть, но не многим это нравилось. В последние годы жизни царя Алексея сформировалась сильная партия Нарышкиных, тем более что у неё имелся сильный козырь — здоровый, умный царевич Пётр, который подрастал в семье. Правда, у Федора Алексеевича и Софьи имелся ещё младший брат Иван, но тот уж совсем был слабеньким.
Шаткость положения Софьи заставляла искать надёжных друзей. Она поставила на своего родственника Милославского и на понравившегося ей боярина Василия Голицына. Прошло время, и сердце холодной Софьи растопил Василий Васильевич — честный, умный слуга царевны.
27 апреля 1682 года в 4 часа пополудни народ толпами двинулся в Кремль для прощания с умершим государем Фёдором. Для Софьи наступил решающий момент. Нарышкинская партия не дремала. Из ссылки спешил в Москву первый помощник Натальи Кирилловны Артамон Сергеевич Матвеев, взбодрился и брат вдовствующей царицы Иван. Оппозиция Софье собиралась сильная, активная, умная. Заседание Государевой думы открылось речью патриарха Иоакима, который объявил, что царевич Иоанн Алексеевич от престола отрёкся в пользу своего брата. Вначале наступило молчание, а потом бояре, за исключением немногих приверженцев Софьи, размыслили, что здоровый, набирающий силу Пётр будет достойной надеждой русского престола.
Патриарх немедленно отправился в покои Натальи Кирилловны и благословил юного государя. Рушились самые заветные, золотые мечты царевны Софьи. Опять та же ненавистная мачеха стала на пути, и опять должна она вернуться в душные терема?.. Софья решила бороться до конца.
Ядром русской военной силы в XVII веке были стрельцы, которые не раз отличались на поле брани и в мирной гарнизонной службе, однако они к концу столетия превратились в «государство в государстве», в образования, мало подчинявшиеся правительству и представлявшие собой некий род «вольницы». На этих буйных, малоуправляемых людей и решила поставить Софья. С помощью приближённых бояр удалось разыграть классический русский бунт — «бессмысленный и беспощадный». Был распространён слух, будто «Ивашка Нарышкин издевался над царевичем Иоанном, примерял его корону, а потом несчастного-то и порешил».
