Методы международных террористов, орудовавших в Баткенском районе, как две капли воды походили на прошедшие длительную апробацию в Чечне: захват заложников, превращение их в предмет политического торга для получения выгодных уступок от официальных властей или солидного выкупа, оккупация приграничных сел и связанная с ней проблема беженцев, поощрение коллаборационизма, целенаправленная пропаганда панисламистских идей, насильственное обучение местного населения оккупированных сел Корану и использование предателей для проведения разведки, пополнения рядов боевиков.
Тактика боевиков несомненно была продумана заранее и нацелена на создание впечатления у местного населения о силе, "справедливости", "легитимности" новой власти, использование привычных для аборигенов приемов и форм осуществления властных полномочий, соблюдение внешних приличий на бытовом уровне, чтобы нейтрализовать недовольство, сопротивление захватчикам, приобрести побольше сторонников, через них по возможности распространить слухи о своем могуществе, целях, собрать дополнительные сведения об особенностях окружающей местности, инфраструктуре, горных тропах, дислокации и численности армейских и милицейских подразделений. С этой целью боевики выборочно отпускали некоторых захваченных в плен милиционеров, кто продемонстрировал знание Корана или за время пребывания в плену научился наизусть читать суры. Боевики не запрещали отдельным жителям захваченных сел торговать домашним скотом, зерном в Баткене, Кадамджае, и привозить подробные сведения об окружающей обстановке, настроении людей в райцентрах. При этом боевики тщательно проверяли каждого, кто покидал временно оккупированную территорию, убеждаясь, что он лоялен к ним, оставляет семью, жилье и наверняка вернется, выполнив их дополнительное задание: привезти нужные сведения разведывательного характера, фураж, продукты.
В первое время (июль-август) боевики щедро расплачивались долларами за услуги и оказываемую им населением помощь, явно уверенные, что таким путем завоюют авторитет в народе, убедят массы в справедливости своей идеологии, целей и способов их осуществления, привлекут новых сторонников. В захваченных селах они, как правило, располагались в пустовавшем жилье беженцев, где распоряжались как хозяева. С теми селянами, кто не покидал жилья, они пытались поступать сравнительно корректно, явно рассчитывая произвести положительное впечатление, расплачивались за пищу, постельные принадлежности. Похороны погибших в бою боевиков проводились в соответствии с религиозными ритуалами. Террористы пытались не оставлять раненых и трупы на поле боя, места захоронений содержались в секрете. И лишь после окончания военных действий, когда опергруппы МВД, воинские формирования вели зачистки местности и натыкались на свежие могилы боевиков, они убеждались, что все захоронения оказались тщательно заминированными, т.е. превращены в хитрые ловушки.
