Собранная разведывательная информация по горячим следам позволила сделать вывод о надуманности официальной версии о цели вторжения бандформирований на территорию суверенного Кыргызстана. Заявление о том, что они якобы представляли собой вооруженные силы ИДУ и имели единственную цель - просочиться в Узбекистан, чтобы вести там вооруженную борьбу с режимом Каримова, который якобы репрессировал свыше 500 тысяч "истинных мусульман", сторонников создания теократического государства, явно надумана. В интервью корреспонденту "Московских новостей", опубликованном 12 октября 1999 года под заголовком "Меня называют шайтаном", Президент Республики Узбекистан Ислам Каримов, анализируя ход операции силовых структур Узбекистана, Кыргызстана против вооруженных экстремистов-диверсантов ИДУ, проникших в Баткенскую область Кыргызской Республики с территории Таджикистана, подчеркнул: "Там, в высокогорье, есть десятки урочищ с горячими источниками, которые бандиты уже давно облюбовали. Есть такой пункт Карамык, с одной стороны киргизский, с другой - таджикский, на дороге из киргизского Оша до таджикского Джергетала и дальше на Хорог. Если это оппозиционеры, желающие воевать против Узбекистана, почему они трижды атаковали Карамык, весьма далекий от узбекской границы? Да потому, что это ключевой пункт наркотрафика из Афганистана через Хорог на Ош, являющийся главным перевалочным пунктом транзита наркотиков из Центральной Азии в Европу, и только сейчас Акаев укрепил этот участок, поставив там 500 пограничников. Так при чем тут версия, что боевики собирались воевать против Узбекистана". По безлюдным горным ущельям Памиро-Алая, не заходя в кыргызские селения, гораздо безопаснее и быстрее можно было приблизиться и пересечь границу с Узбекистаном и раствориться там. Во-вторых, тактика террористов всегда рассчитана на фактор внезапности, неожиданности, неподготовленности вероятного противника, против которого готовится этот теракт, окутанный, как правило, глубокой тайной.
Баткенские же события развивались по-иному сценарию. Боевики как будто заранее стремились привлечь к себе внимание, придать своей вооруженной экспансии масштабный характер, тщательно проверить реакцию высших государственных органов из Ташкента, Бишкека, Душанбе, властей районного и областного масштаба, местных жителей на их планы и попытку оккупации части территории. Одновременно боевики пытались не только прозондировать настроение людей из приграничных сел, но и систему охраны границ. Главное же их интересовало, насколько реально совместное противодействие вооруженной агрессии против стран СНГ в рамках московского (1993года) договора о коллективной безопасности и регионального соглашения между Казахстаном, Кыргызстаном, Узбекистаном о дружбе и взаимной помощи. Задолго до баткенских событий боевики появлялись на рынках анклавов Ворух, Сох, в Баткене, расплачивались за покупки долларами и почти не прятали оружие. Тем самым открыто пытались привлечь к себе внимание, заявить о том, что имеют богатых, влиятельных покровителей, хорошо экипированы, вооружены, пользуются поддержкой руководителей движения "Талибан" в Афганистане, Усамы бен Ладена, ваххабитских центров в Саудовской Аравии, Ираке. С собой принесли в большом количестве пропагандистскую литературу, разъясняющую позицию ИДУ, планы создания теократического исламского халифата в Ферганской долине. Это также подтверждало о длительной, тщательно продуманной, заранее спланированной, идеологически подготовленной акции, которую следует рассматривать как составную региональную часть широкого глобального наступления религиозного экстремизма на мировую цивилизацию, светский образ жизни под прикрытием громких лозунгов о свободе, равноправии, национальной независимости.
