Когда боевики были вытеснены с территории Кыргызстана и вынуждены были, неся потери, уходить за перевал на свои зимние базы в Таджикистане, а затем и на контролируемую талибами территорию соседнего Афганистана, бандиты перешли к открытому грабежу: угоняли яков, баранов, лошадей. Они жестоко расправились с милиционером Чон-Алайского РОВД Т. Шадыбековым, захваченным в плен 30 июля в селе Зардалы, осквернили мечеть в этом населенном пункте. Эти действия раскрыли подлинную сущность экстремистов, сорвали с них маски "бескорыстных борцов за ислам".
Обращает на себя внимание характерная деталь: бандформирования тщательно контролировали эфир, осуществляли радиоперехваты, анализировали передачи государственных и частных радиостанций. Свежая пресса поступала к ним регулярно по заранее оплаченным каналам. Это позволяло боевикам в ходе переговоров о судьбе заложников выдвигать требования, претензии к отдельным средствам массовой информации (СМИ), которые якобы "необъективно" с их точки зрения освещали, оценивали события.
Анализируя итоги баткенских событий, невольно приходится констатировать, что ни одной из открыто декларировавшихся лидерами боевиков-экстремистов целей, они в результате не достигли. Наоборот, мировое общественное мнение с трибуны ООН заклеймило эту акцию как экспансию международного терроризма, как коварную акцию транснациональной организованной преступности против суверенного государства и призвало дать достойный отпор экстремистам. В рамках осуществления договора стран СНГ о коллективной безопасности, соглашения о Дружбе и Сотрудничестве между суверенными государствами Центральноазиатского региона, о взаимопомощи государств "Шанхайской пятерки" (Россия, Китай, Казахстан, Кыргызстан, Таджикистан) были осуществлены комплексные мероприятия по усилению обороноспособности Кыргызстана, укреплению государственных границ, Вооруженных сил. Осенью-зимой 1999-2000 годов были созданы объединенные антитеррористические центры, штабы, тактические группы по линии МО, МВД, МНБ, проведены оперативно-тактические, командно-штабные военные учения с тренировочным нанесением ударов по базам боевиков в Таджикистане, Афганистане. Началось формирование единой информационной базы данных о террористических группировках, экстремистских бандформированиях, их лидерах, дислокации, связях, путях снабжения оружием и т.д. Ускоренным темпом была сформирована новая Баткенская область, пограничная служба Кыргызской Республики. На границе с Таджикистаном в Баткенском, Кадамджайском, Чон-Алайском районах были размещены погранотряды, в помощь национальной пограничной службе Кыргызстана стали создаваться отряды самообороны.
