18 октября первый ПС-9 совершил перелет Москва-Киев, приуроченный к пленуму Комитета содействия развитию гражданской авиации. Самолет доставил в Киев почту, свежие газеты и делегацию руководства объединения «Трансавиация», в которое тогда входили регулярные авиалинии. Несмотря на непогоду, «самолет показал себя чрезвычайно маневренным, устойчивым, моторы работали отлично». В Киеве на ПС-9 катали ударников строительства аэропорта. 20 октября самолет вернулся в Москву.
Коллегия Главного управления ГВФ приняла решение переделать под М-17 все имевшиеся гражданские АНТ-9. Поэтому поступившие в «Аэрофлот» самолеты этого типа сосредоточили на Центральной авиаремонтной базе в Москве, где и осуществлялась переделка. В массовых масштабах ее начали выполнять с 1933 г. Устанавливали моторы М-17Б, а с конца года - М-17Ф. На место снятого центрального двигателя монтировали металлический обтекатель.
К этому времени было выпушено немало АНТ-9. В 1932 г. завод № 22 изготовил 27 самолетов. Производство АНТ-9 начали на Таганрогском заводе № 31, но быстро свернули, собрав всего 5 машин из готовых узлов и агрегатов, а предприятие загрузили заказами на летающие лодки. В 1934 г. выпуск пассажирских машин прекратили и в Филях. Весь задел передали на завод № 84 в Химках, где собрали еще около десятка ПС-9 с М-17Ф. Всего же было построено где-то 75 АНТ-9 всех модификаций.
ВВС на новые поставки АНТ-9 не претендовали и обладали максимум 6-7 машинами этого типа. По одному самолету имели 3-я школа летчиков, Военно-воздушная академия, бригады под Ленинградом, на Украине и в Ташкенте, два - отряд (позднее эскадрилья) особого назначения в Москве. АНТ-9 академии в 1933 г. хотели переделать в летающий бомбардировочный класс, оборудовав соответствующим образом места для 8-9 слушателей. Проект переделки, выполненный инженером Сумароковой, в сентябре направили в УВВС, но, по-видимому, он реализован не был. В ВВС транспортники Туполева сохранились до 1939 г., и последним, наверное, был самолет 9-й школы летчиков, куда он попал из эскадрильи особого назначения.
ВТА предполагалось комплектовать машинами, мобилизованными из ГВФ. АНТ-9 должны были войти в шесть военно- авиационных транспортных отрядов (ВАТО) и два санитарных отряда с базами в Москве, Монино, Воронеже, Харькове и Кречевицах. В военное время самолеты собирались вооружать пулеметом ДА на турели Тур-6 над пилотской кабиной (боезапас 350 патронов) и ставить стандартную радиостанцию 13СК. Экипаж должен был состоять из двух человек - пилота и бортмеханика-стрелка. Перед ВАТО ставились задачи снабжения авиабригад у передовой, механизированных и кавалерийских частей в рейдах по тылам врага, войск в окружении, партизан и десантников. Над территорией противника АНТ-9 должны были летать только группами с эскортом истребителей. Транспортные самолеты могли доставлять личный состав, (в том числе бомбы крупных калибров на внешней подвеске), продовольствие, и др. грузы. Но все это осталось только на бумаге.
