Был определен и маршрут судов. «Надежде» предстояло плыть в Японию, а потом на Камчатку. Целью плавания был визит к императору Японии, вручение ему подарков. На «Надежде» находилось и посольство в Японию во главе с Н. П. Резановым. Ему поручалось завязать с этой страной торговые отношения. На Камчатку «Надежда» везла товары. «Неве» надо было плыть с товарами Российско-Американской компании к северо-западным берегам Америки.
Забот перед отплытием было множество: оснащение кораблей астрономическими и физическими инструментами, подбор команд, обеспечение их продовольствием, одеждой, медикаментами и многим другим, что может потребоваться в долгом и трудном пути.
Крузенштерн заранее обратился в Петербургскую Академию наук с просьбой оказать содействие в предстоящей научной работе. Ученые охотно откликнулись на это. Академик П. Б. Иноходцев провел с будущими участниками морской экспедиции занятия по астрономии, академик В. М. Севергин написал для них «Инструкцию для предполагаемого путешествия около света по части минералогии и в отношении теории Земли», академик А. Ф. Севастьянов составил инструкцию «по части зоологической», а профессор Т. А. Смеловский — инструкции по ботанике. Петербургская Академия наук избрала Крузенштерна своим членом-корреспондентом, хотя научных трудов у него тогда еще не было. Впоследствии Иван Федорович оправдал оказанное ему доверие: в течение всего плавания он поддерживал обширную переписку с учеными, посылал в Академию наук коллекции и свои записки.
Команды кораблей состояли исключительно из добровольцев. Но желающих участвовать в кругосветном плавании оказалось столько, что многим было отказано. Крузенштерн писал: «Если бы принять всех охотников, явившихся ко мне с просьбой о зачислении их в сие путешествие, то я мог бы укомплектовать многие и большие корабли отобранными матросами Российского флота… Мне советовали принять несколько и иностранных матросов, но я, зная преимущественные свойства российских, коих даже и английским предпочитаю, совету сему последовать не согласился… Помимо двух естествоиспытателей, астронома и врача, на обоих кораблях в путешествии нашем ни одного иностранца не было».
Каким же стал состав команд?
На «Надежде» отправились в плавание старший лейтенант Макар Ратманов, в течение десяти лет бывший командиром военного корабля, участник многочисленных сражений на Балтийском, Черном и Адриатическом морях, лейтенанты Петр Головачев и Ермолай Левенштерн, а также мичман Фаддей Беллинсгаузен, впоследствии прославленный исследователь Антарктиды; кадеты Мориц и Отто Коцебу, который также стал известным мореплавателем; штурман Филипп Каменщиков, подштурман Василий Сполохов, доктор медицины Карл Эспенберг и его помощник Иван Сидгам, артиллерийский офицер Алексей Раевский, приказчик Российско-Американской компании Федор Шемелин, широко образованный человек, издавший описание этого кругосветного путешествия, и пятьдесят два матроса. На судне «Надежда» находились посол Резанов со своей свитой и пять японских промышленников, потерпевших в августе 1783 года кораблекрушение у Алеутских островов. Их помощью было решено воспользоваться для установления торговых отношений с Японией.
