Царь Александр I разрешил, наконец, организацию экспедиции. Крузенштерн писал морскому министру, что с радостью возглавил бы такой поход, если бы не болезнь глаз. Но он готов составить для будущего начальника экспедиции подробную инструкцию.
Выбрать начальника оказалось весьма непросто. Поначалу на эту должность Крузенштерн предлагал назначить выдающегося мореплавателя Головнина. Но тот все еще находился в кругосветном плавании на шлюпе «Камчатка». Тогда в особой записке на имя министра Крузенштерн назвал Фаддея Фаддеевича Беллинсгаузена: «Он имеет особые достоинства к начальству над таковою экспедициею: превосходный морской офицер и имеет редкие познания в астрономии, гидрографии и физике. Наш флот, конечно, богат предприимчивыми офицерами, однако из тех, коих я знаю, не может никто, кроме Головнина, сравниться с Беллинсгаузеном». Эта высокая оценка справедлива и обоснована.
Ведь Фаддей Фаддеевич ходил вместе со своим поручителем в то самое плавание на корабле «Надежда».
Еще мичманом Беллинсгаузен был назначен в Ревельскую эскадру и ходил на кораблях по Балтийскому морю в течение шести лет. Затем усердие и прочные знания молодого моряка были замечены одним из выдающихся флотоводцев адмиралом П. И. Ханыковым. Он и рекомендовал Фаддея Фаддеевича в первую русскую кругосветную экспедицию. Беллинсгаузен занимался морской описью берегов, составлением карт и достиг в этом сложном деле большого совершенства. Крузенштерн отмечал: «Все почти карты рисованы сим последним искусным офицером, который в то же время являет в себе способность хорошего гидрографа; он же составил генеральную карту».
Служба на «Надежде» была для двадцатипятилетнего Фаддея Беллинсгаузена отличной школой. Во время путешествия он проявил мужество, хладнокровие, отличные морские знания.
После окончания кругосветного похода он был назначен командиром фрегата «Мельпомена». В войне со шведами его фрегат успешно принимал участие в боях на Балтике. В 1811 году опытный моряк был переведен на Черное море. Здесь шли морские баталии с Турцией, и Беллинсгаузен стал командовать уже двумя фрегатами— «Минервой» и «Флорой». Война окончилась, и Фаддей Фаддеевич, произведенный к тому времени в капитаны 2-го ранга, ходил на фрегате «Флора» вдоль побережья Черного моря. Он составлял карту тех мест, «дабы обеспечить у оных берегов плавание судов».
В тот период у Беллинсгаузена случилась досадная неприятность, характеризующая, впрочем, упорный консерватизм, который царил тогда в Морском ведомстве.
