Пробыв в Нагасаки с 8 октября 1804 года до апреля 1805 года, экипаж «Надежды», «радуясь сердечно» своему освобождению, как писал впоследствии глава экспедиции, покинул эту страну.
Крузенштерн избрал дальний путь на Камчатку — через Японское и Охотское моря. Эти моря в то время были мало изучены, и из европейцев там побывал лишь француз Лаперуз.
Из записок И. Ф. Крузенштерна: «Зная, что ни он и никто другой из европейских мореходцев не определил точного положения всего западного берега Японии, большей части Кореи, целого западного острова Иессо (ныне — Хоккайдо. — Авт.) юго-восточного и северо-западного берегов Сахалина, а также многих из островов Курильских, вознамерился я изведать из сих стран те, кои удобнее при настоящем случае избрать возможно будет».
Японцы пытались всячески отговорить Крузенштерна. Уверяли, что плавать по неисследованному Японскому морю опасно, что пролив Цугару (Сангарский) между островами Хонсю и Хоккайдо очень узок, усеян подводными камнями и также крайне опасен сильным течением. А перед уходом корабля вручили посланнику Резанову письмо японского губернатора, который запрещал русским мореходам даже приближаться к японским берегам. Впрочем, это ничуть не поколебало намерений Крузенштерна исследовать западные берега Японии.
«Надежда» направилась к Корейскому проливу, продвигаясь вблизи японского берега. Ее командир продолжал определять географическое положение приметных пунктов, и все сведения тотчас же наносил на свою карту.
1 мая 1805 года судно приблизилось к острову Хонсю, самому большому из островов Японского архипелага, а затем прошло к проливу Цугару, разделяющему острова Хонсю и Хоккайдо. Точного положения его тогда не знали, и Крузенштерн повел корабль в сущности наугад, продолжая изучать линию берега. Возвратившись снова в Японское море, «Надежда» направилась на север, теперь уже вдоль западных берегов острова Хоккайдо. Достигнув самой северной его точки, моряки миновали ее и вошли в пролив Лаперуза, который отделяет остров Хоккайдо от Сахалина. В этих местах Крузенштерн опять-таки произвел подробную опись западного и северо-западного побережий Хоккайдо, открыл и нанес на карту множество мысов и бухт.
Много времени заняло изучение и описание побережья Сахалина. В этом районе были открыты и нанесены на карту мыс Сенявина, мыс Муловского — в память об учителе Крузенштерна, мыс Соймонова, залив Мордвинова и другие географические пункты. Немало названий, данных Крузенштерном, сохранились и на современных географических картах.
