Ванини избрал Геную, где жили его друзья Джиноккио, Спинола и Дорио. Здесь он продолжал деятельность неутомимого ученого-исследователя и пропагандиста новых идей. В «Амфитеатре» он вспоминает о том времени, когда он «публично преподавал философию в славном городе Генуе». Вокруг него собирались лучшие представители молодежи. Философ интересуется жизнью человеческого организма. Ванини ищет естественные причины, порождающие различные уродства. Он находит их в физических недостатках организма человека, а некоторые объясняет влиянием небесных светил, что, с его точки зрения, тоже является естественной причиной. Уроды, — рассуждает дальше Ванини, — бывают вместе совершенны в других своих проявлениях. Здесь он приводит слова итальянского поэта: «Природа красива своим разнообразием». От причин естественных он переходит к потусторонним, к роли бога, подчеркивая, что в нем надо искать причину появления на свет всех созданий, в том числе и уродов и чудовищ. «Восхваляя» бога, как «замечательного мастера разнообразия», он делает более чем смелый намек, приводя богословский тезис о том, что бог создал человека по своему образу и подобию. Каким же должен быть бог, создающий уродов и чудовищ! Он наблюдает различные явления в области человеческой психики: потерю сознания, эпилепсию и т. д. Если древние приписывали эпилепсию влиянию богов, — говорит Ванини, — то и самые христианнейшие народы приписывают ее влиянию святых, как, например, во Франции — св. Иоанну Предтече. Подобно Гиппократу, Ванини считает, что это — лишь результат невежества >70.
Говоря о причинах, которые приводят человека к потере сознания, Ванини рассказывает о таком случае: «Кармелитский теолог Григорий Спинола рассказывал мне в Генуе, что он упал из открытого окна и после этого в течение целого дня находился без чувств, ничего не видел, хотя его глаза были открыты, и не ощущал боли от раскаленного железа, которое к его коже прикладывали медики». Ванини объясняет это так: Спинола лишился чувств и дара речи из-за того, что его мозговая оболочка была сжата >71.
Такой материалистический, противоречивший богословским нормам характер публичных лекций и отдельных бесед Ванини в Генуе вызвал злобный протест в ортодоксальных католических кругах. Иезуит Дюран говорит, что Ванини основывал свои лекции в Генуе на главных принципах аверроизма, поэтому на него был сделай донос и Ванини вынужден был бежать из Италии.
В 1615 г. Ванини снова появляется во Франции, в Лионе, где он бывал еще до отъезда в Англию. Ванини писал: «Без пользы и несчастливо, в скитаниях и при дворах власть имущих прошла лучшая часть моей жизни»
