Преступников Лопухин все же отконвоировал затем в Преображенский приказ. Среди заговорщиков опять оказались стрельцы и их полковник Иван Цыклер. Соковнина, Цыклера и еще несколько заговорщиков после следствия четвертовали. Не случилось ни переворота, ни очередного стрелецкого путча, ни покушения на царя, ни большого пожара, который заговорщики в ненависти к Петру не боялись организовать в деревянной Москве с риском больших жертв и разрушений в городе. Но император должен был уже тогда сделать выводы — нужна отдельная служба для выявления таких заговорщиков, их ареста и следствия по таким делам.
В 1698 году во время нахождения Петра в длительном отъезде в Европу стрельцы поднялись в очередной раз под знаменами староверов, подбадриваемые слухом о смерти царя за границей, и пошли на Москву. Оставленный Петром главным в стране Федор Ромодановский растерялся и попытался вступить с мятежниками в переговоры. Узнав об этом, Петр бросился в Россию. В этот год он окончательно понял, что из преображенцев настоящего органа тайного сыска не создать, они хороши только как каратели уже выявленных злоумышленников. В письме с дороги он ругает не оправдавшего его надежд Ромодановского, а с ним и всю свою несовершенную систему государственной безопасности: «Зело мне печально и досадно на тебя, для чего ты сего дела в розыск не вступил. Богу тебя судить! Я не знаю, откуда на вас такой страх бабий! Неколи ничего ожидать с такой трусостью!»
Этот стрелецкий бунт был просмотрен Ромодановским, как свидетельствует история, из-за загруженности оставленного главным в стране князя-кесаря другими государственными заботами и традиционной причиной — очередным долгим запоем в отсутствие царя. Мятеж, как и в 1682 году, вызревал долго и готовился почти в открытую. Высланные на польские границы стрельцы сбегали, засылали в Москву своих разведчиков, смогли связаться с заключенной в Новодевичьем монастыре опальной царевной Софьей и убедиться в широкой поддержке своего выступления среди москвичей. В Преображенский приказ к Ромодановскому регулярно доставляли таких лазутчиков и агитаторов, утверждавших на улицах, что Петр погиб за границей, а немцы-еретики привезут вместо него своего агента-двойника для истребления Руси и ее старой веры, что нужно всем подниматься и идти на Кремль, опять сажать на трон свергнутую Софью Алексеевну. И при всем этом известие о том, что четыре стрелецких полка, перебив командиров, идут боевым порядком брать Москву, Ромодановского выдернуло из затянувшегося празднования и ввергло во временный шок. Имея в тот момент всю полноту власти в России и орудие Преображенского приказа под рукой, Федор Юрьевич несолидно заметался, а затем затеял мирные переговоры со стрельцами, чем и разгневал своего сверхрешительного правителя. Ведь положение для власти Петра действительно складывалось угрожающее: прорвись стрельцы в Москву, их там встретила бы мощная пятая колонна в лице заточенной в монастырь Софьи, антипетровского боярства, собственных стрелецких семей и огромного количества москвичей, бывших совсем не в восторге от «прогрессивных» реформ Петра через всеобщее принуждение к ним.
