Мятеж 1698 года смогли подавить еще до приезда Петра в Москву. Не дожидаясь приказов Ромодановского, полковник Гордон, шотландец на русской службе, вывел навстречу стрелецким войскам свои новые части иноземного строя, рассеяв плохо организованную массу стрельцов огнем своей артиллерии на переправе их мятежного войска через подмосковную речку Истру. Только после этого преображенцы Ромодановского приступили к массовым розыскам, арестам, пыткам и казням. Пытаясь оправдать свою нерешительность, Ромодановский даже попытался ввести Петра в заблуждение, преуменьшая масштабы проблемы. Он повесил полсотни главных зачинщиков бунта, отпустив остальных стрельцов на свободу, объяснив царю с их слов, что речь не шла о попытке захвата власти и возведения на трон Софьи, а изведенные нуждой стрельцы просто без спроса пошли в Москву к своим семьям, помыться в банях и сытно поесть. Но эта неуклюжая попытка представить масштабный политический мятеж и заговор массовой самоволкой оголодавшего воинства Ромодановскому не удалась. Петр обрушил на своего оплошавшего главу сыска и заместителя по управлению страной потоки брани, приказал вновь арестовать и пытать уже отпущенных стрельцов. Под пытками преображенцев те признали факт замысла взять Москву с боя и поменять в России власть, и тогда уже начался тот самый массовый стрелецкий розыск.
Царь возглавлял это жестокое следствие, лично допрашивая даже многих рядовых стрельцов, дважды выезжая в монастырь для допросов содержащейся здесь своей сестры Софьи, подозреваемой в подстрекательстве стрельцов к бунту. Все это кончилось знаменитым «утром стрелецкой казни», когда на Красной площади под личным руководством царя казнены около двухсот участников мятежа, а в несколько следующих дней еще около двух тысяч обвиняемых. Такого масштаба политических репрессий страна не видела со времен опричных казней 1570 года при Иване Грозном. Сам царь Петр по примеру Ивана лично взял топор. Присутствовавший при казни в числе других иностранных дипломатов австрийский посланец Иоганн Корб даже подсчитал, что Петр сам отрубил головы пятерым осужденным (по другим свидетельствам, царь обезглавил более десятка стрельцов). Ромодановский своей свирепостью при этом розыске и казнях вернул себе утраченное в глазах царя доверие, но это касалось только лично его, а не его службы сыска.
С этого времени важность Преображенского приказа в глазах Петра начинает падать, и он начинает думать о замене ему в виде принципиально новой службы. Преображенский приказ уже кажется ему устаревшим, он такой же тормоз его начинаниям из московитского прошлого, как ленивые бояре, вздорные стрельцы, меховые шубы до пят, привычка спать после обеда, церковные вековые обряды, да и сама ненавистная ему старорусская по духу Москва. Такой же тупиковый путь в развитии сыска, тормозящий его, как сделанный еще в допетровскую эпоху единственный на Руси боевой корабль «Орел» по голландским чертежам, оказавшийся негодным к серьезным испытаниям. Когда Петр основал свой боеспособный флот из сотен галер, «Орел» печально догнивал на волжском причале у Нижнего Новгорода, а Преображенский приказ так же тихо угасал на окраине Москвы в тени новой всесильной спецслужбы в России.
