Ввиду окончательного сползания Тайного приказа к контрольно-хозяйственным функциям его руководителями в чине «дьяка тайных дел» назначались в основном не родовитые князья или воеводы, а активные люди не самого знатного происхождения (как сказали бы сейчас, «крепкие хозяйственники»): Перфильев, Михайлов, Башмаков, Ртищев, Полянский. Хотя они при этом могли пользоваться большим доверием царя, как тот же Дементий Башмаков, который руководил также Сыскным приказом (уголовной полицией), а в руководители политического сыска выбился после личного конвоирования мятежного протопопа Аввакума к месту его северной ссылки в Пустозерск. При этом Башмаков был верным цепным псом царя, готовым репрессировать по его указанию кого угодно, он же затем командовал следствием по делу опального патриарха Никона, главного гонителя в прошлом Аввакума и его сторонников. Тот же Башмаков руководил высылкой Никона в Ферапонтовский монастырь, а когда возок с опальным патриархом двинулся из Москвы и Никон попытался воззвать москвичей к своей защите и освобождению, главный царский опричник быстро пресек эту проповедь, применив к всесильному недавно патриарху грубую физическую силу. Дементий Минеевич Башмаков вообще был человеком не сентиментальным, именно он в 1662 году руководил массовым розыском и пыточным следствием против организаторов Медного бунта в Москве.
Обязательным условием работы для сотрудников приказа была грамотность, так что попасть в него в то время было делом не простым, ведь доносы требовалось записывать и использовать затем в качестве улик. Дело политического доноса в эпоху Алексея Михайловича впервые попытались систематизировать и отразить в законодательстве: Соборное уложение 1649 года впервые в российском праве вводит смертную казнь за недонесение о государственном преступлении или местонахождении государственного преступника.
В нашей истории главным специалистом по Тайному приказу Алексея Михайловича считается И.Я. Гурлянд, так что к его мнению о назначении этого государственного органа стоит прислушаться. В своей работе приказ Тайных дел он особенно отмечал эту безбрежность компетенции детища царя Алексея, отвечавшего в государстве едва ли не за все важные государственные вопросы. Гурлянд в этой связи призывал вообще не считать Тайный приказ прообразом специальной службы, поскольку сыскные дела составляли в нем лишь незначительную часть повседневной работы. В той же работе историк пишет и о слишком плотном контроле за приказом со стороны самого царя, приводя примеры частых визитов Алексея Михайловича в приказ и личного разбора некоторых его дел. Так, Алексей Михайлович при расследовании Тайным приказом дела атамана Степана Разина лично составил список вопросов бунтовскому вожаку, пытаясь выявить связь Разина с деятелями раскола или с опальным патриархом Никоном, находившимся в ссылке. Но это один из немногих случаев вмешательства царя Алексея именно в политическое дело Тайного приказа. В других оставшихся для истории записках царя для Тайного приказа практически нет примеров разбора дел политического сыска, все больше о снабжении хлебом каких-то отдаленных областей царства и о перераспределении финансов из казны. Эта иллюстрация тоже отдаляет Тайный приказ от образа даже средневековой и черновой спецслужбы. А зачастую сам царь, напротив, лично занимался вопросами защиты политической безопасности своей власти, не прибегая к услугам своего Тайного приказа. Как это было, когда по доносу в кознях против него был обвинен царский тесть Милославский, и царь безо всякого следствия или ареста просто избил отца своей жены кулаками, а позднее простил и даже, если верить легенде, попросил у тестя прощения, ведь он был Тишайшим царем.
