Это Уложение царя Алексея Михайловича на долгие годы затем определило в романовском царстве перечень тех государственных преступлений, выявлением и расследованием которых занимался тайный сыск. Потомки Алексея затем только вносили в этот список дополнения в виде правок в Уложение 1649 года, но вся работа тайного сыска продолжала крутиться вокруг дел об измене государю, планов покушения на его личность или честное имя, хищения царского имущества или попыток заговора и бунта. Уложение ценно и тем, что кроме четкого понятия «государственный (государев) преступник» впервые ввело на века в российское право понятия конфискации имущества за государственное преступление (в формулировке «Отписать на государя»), ответственность за недонесение о государственном преступлении («Про ту измену ведал, но не донес»), а также впервые четко приравняло к государственной измене факт бегства россиянина за пределы отечества за границу, причем независимо от мотивов этого бегства.
При этом на Тайный приказ помимо функций следствия и примитивного политического розыска возлагалось множество иных функций, совсем нехарактерных для спецслужбы, что еще раз доказывает экспериментальный характер этого проекта в разрезе истории спецслужб. На дьяков, поддьяков и писцов Тайного приказа помимо розыска инакомыслящих и борьбы с раскольниками возлагались и обязанности сообщений с иностранными послами в России, и поставки продуктов к царскому двору, и организация царской охоты, и оснащение российского войска артиллерией, и издание книг, и организация противопожарных мер в Москве, и хлебная торговля, и поиск месторождений железной руды в стране, и множество иных разовых поручений.
Фактически это было своеобразное агентство сервиса для различных потребностей царского двора; однажды дьякам Тайного приказа Алексей поручил даже раздачу от собственного имени милостыни московским нищим. Так что считать приказ первой российской спецслужбой было бы явной натяжкой. Разведывательные функции были вне ведения Тайного приказа, в отсутствие постоянного органа внешней разведки их продолжали выполнять в разовом порядке непрофессионалы: купцы, послы за границей, воеводы приграничных крепостей и т. д. Функции контрразведки в тогдашнем российском войске, на которые часто ссылаются исследователи, считающие приказ Тайных дел первой нашей спецслужбой, фактически сводились к тому, что по царскому указу от 1665 года Разрядный приказ (тогдашнее Министерство обороны) был обязан ежедневно сообщать Тайному своему коллеге сводку о положении в армии. Вряд ли это может считаться настоящей контрразведывательной работой. Тайный приказ может скорее считаться неким органом высшего контроля в государстве. Право следствия по государственным делам приказ делил с Боярской думой и воеводами на местах. В 1663 году к Тайному приказу перешли функции бывшего Большого приказа дворца, своего рода средневекового управления делами царя. При этом приказ Алексея можно считать и предтечей российской прокуратуры, именно здесь разбирались «челобитные» (ходатайства) и «изветы» (доносы) по разным категориям дел, включая и совсем не связанные с политической безопасностью государства. Отдельным указом Алексей Михайлович запретил даже обращаться с челобитными лично к царю, минуя Тайный приказ. При этом Тайный приказ исполнял еще и функции современного Госкомстата, ведя для царя статистику по важным государственным вопросам. А также занимался еще массой не присущих нынешним спецслужбам дел.
