После задержания Букейханов был доставлен в здание ГУГБ НКВД СССР, где собственноручно заполнил анкету арестованного. В графе «профессия» он указал «журналист, переводчик»; в графе «социальное происхождение» — «сын казаха»; в графе «партийность» — «член партии кадетов, с 1917 г. — партии «Алаш». на момент ареста — беспартийный». В графе «служба в белых и других контрреволюционных армиях. участие в бандах и восстаниях против советской власти» — «как председатель Алаш-Орды боролся против советской власти до 1920 года»[198].
Несмотря на то, что Букейханов был задержан 26 июля 1937 г., содержался под стражей и допрашивался, постановление об избрании меры пресечения — содержание под стражей — было подготовлено Рясным лишь 7 августа, а утверждено 3 сентября 1937 г. В постановлении было указано: «Букейханов Алихан Нурмухаметович достаточно изобличался в том, что он являлся контрреволюционером, националистом и проводил активную антисоветскую, националистическую работу и имел контрреволюционные связи с руководителями антисоветского пантюркистского центра»[199].
8 сентября 1937 г. заместитель начальника 3-го отдела ГУГБ НКВД майор госбезопасности Пассов утвердил обвинительное заключение по следственному делу Букейханова. 25 сентября 1937 года обвинительное заключение утвердил прокурор СССР А.Я. Вышинский[200].
26 сентября Букейханову под расписку была вручена копия обвинительного заключения о предании его суду Военной коллегии Верховного суда (ВК ВС) СССР. Вероятно, Букейханов надеялся на объективное и справедливое рассмотрение уголовного дела, т. к. его судьбу решал суд, а не внесудебные органы, такие как Особое совещании при НКВД или пресловутая «тройка». Однако его надежды не сбылись.
27 сентября 1937 г. в Москве в 11 часов началось закрытое судебное заседание. Вся процедура рассмотрения дела, в том числе оглашение приговора, заняла всего 20 минут. После обязательной процедуры удостоверения личности подсудимого председатель суда — диввоенюрист Голяков спросил у Букейханова, вручена ли ему копия обвинительного заключения по делу. Подсудимый ответил удовлетворительно. Были разъяснены его права и объявлен состав суда. Букейханов никаких ходатайств, а также отвода составу суда не заявлял. Секретарь огласил обвинительное заключение. Председатель разъяснил подсудимому сущность предъявленного обвинения и спросил, признает ли он себя виновным. На это Букейханов ответил, что «виновным себе признает частично». Председатель огласил показания Букейханов, в которых приводились его слова о том, что он до последнего времени оставался контрреволюционером-националистом. А также о том, что он не мог и не может «быть сторонником советской власти», оставаясь верным своим алаш-ордынским идеям, за которые боролся с советской властью. Букейханов подтвердил эти свои показания. После этого подсудимому было предоставлено последнее слово, и он заявил, что «советскую власть не любит, но признает»
