Многих деятелей национальных культур записали в мифическую организацию «пантюркистский антисоветский центр». Букейханов обвинялся в том, что он поддерживал контакты с руководителями и активными сторонниками этой мифической организации: Ходжановым, Нурмаковым, Тюрякуловым, Султановеновым, Кенжиным и другими. Полномочное представительство (ПП) ОГПУ в Казахстане в конце 1920 — начале 1930-х годов по ложному обвинению провело аресты X. Досмухамедова, Д. Досмухамедова, М. Мурзина, М. Ауэзова, Омарова, М. Тынышпаева, А. Ермекова и др. Они обвинялись в том, что входили в созданный X. Досмухамедовым в 1921 г. в Ташкенте «филиал подпольной контрреволюционной организации», ставивший целью свержение советской власти (срыв мероприятий партии и правительства в Казахстане по землеустройству, конфискации байских хозяйств, коллективизации хозяйств и др., пропаганду националистических взглядов, идеологическое воздействие на советских работников).
Шестеро обвиняемых признали себя виновными, остальные — нет. Обвинительное заключение по уголовному делу было составлено в декабре 1931 г. Однако доказательств для вынесения обвинительного приговора было недостаточно, и 2 марта 1932 г. прокуратура возвратила уголовное дело на доследование. Особый отдел ОГПУ. рассмотрев материалы, поступившие из Казахстана, предложил прекратить уголовное дело и освободить всех арестованных, поскольку их «контрреволюционная деятельность» относилась к периоду 1918–1921 гг. и подпадала под акты об амнистии. В связи с тем, что никаких доказательств виновности алашордынцев по делу собрано не было, так как они вообще не существовали, и из опасений, что суд может вынести оправдательный приговор, уголовное дело было вынесено на рассмотрение внесудебного органа — тройки при ПП ОГПУ Казахстана, которая 20 апреля 1932 г. приговорила М. Тынышпаева, X. Досмухамедова. Д. Досмухамедова, М. Мурзина к заключению в концлагере сроком на пять лет, М. Ауэзова и А. Ермекова — к трем годам условно, остальных арестованных — к различным срокам наказания[197]’.
Учитывая авторитет Букейханова среди казахского населения, спецслужбы долго не решались принимать в отношении него жесткие меры. Лишь после того как в стране наступили годы Большого террора, дошла очередь и до него. В НКВД традиционно назвал причинами ареста лидера Алаш-Орды то, что он якобы был «контрреволюционером, националистом, занимался антисоветской деятельностью, поддерживал связи с руководителями антисоветского пантюркистского центра». 26 июля 1937 г. Букейханов был арестован. Ордер на арест и обыск был подписан заместителем наркома внутренних дел М.П. Фриновским и вручен помощнику начальника 4-го отделения 3-го отдела (контрразведывательного) ГУГБ НКВД СССР старшему лейтенанту госбезопасности В.С. Рясному. Архивные документы свидетельствуют о том, что во время обыска на квартире, где проживал Букейханов, в присутствии его дочери Е.А. Садвокасовой была изъята «разная личная переписка» без указания количества и вида документов. Изъятые материалы забрал с собой Рясной, дальнейшая их судьба не ясна, на хранение в архив они не поступали.
