Японцы не только не предоставили Индонезии хота бы ограниченное самоуправление; они даже попытались покончить с индонезийской государственностью, расчленив страну на три зоны оккупации, установив в каждой оккупационный режим. Генерал–губернатор, вся бывшая голландская верхушка оказались в концлагерях. Ее заместили японцы, а на более низком уровне (ввиду нехватки японских администраторов) — индонезийские чиновники — прияи. Политическая деятельность подверглась полному запрещению. Все партии, профсоюзы, большая часть общественных организаций, фолксраад и низовые раадс были распущены. Исключение было сделано для исламской МИАИ, которой, однако, не дозволялось заниматься политикой. Японская тайная полиция (кэмпейтай) поощряла взаимную слежку и доносы, при арестах культивировала изощренные пытки патриотов. Все это способствовало быстрому разоблачению социально–шовинистской демагогии оккупантов.
Все предприятия были захвачены японцами. Скоро стало очевидным, что их интересуют главным образом нефть и продовольствие. Ввиду однородности экономических ресурсов замеченных Японией стран ЮВА новая метрополия поглощала лишь часть даже стратегических товаров Индонезии: олова, каучука, копры, что влекло за собой сокращение их производства. Еще больше сокращалось производство прочих сельскохозяйственных культур, так как связи с мировым рынком были разорваны. Это вело к безработице плантационных кули, разорению мелких товаропроизводителей в секторе товарно–экспортного земледелия. Попытка японцев переориентировать их хозяйства на производство продовольствия, риса потерпели фиаско по целому ряду причин: были утрачены необходимые навыки, не было заготовлено семенного фонда, удобрений. Большая часть скота и произведенного продовольствия реквизировалась оккупантами. Под покровом демагогических посулов «сопроцветания» бурно росли цены и развивалась инфляция, население голодало. Катастрофические масштабы приняла безработица. Японцы широко мобилизовывали молодых индонезийцев на принудительные военно–инженерные и транспортные работы для обслуживания своих оккупационных войск на материке. Сотни тысяч этих так называемых хейхо и ромуся погибли в Бирме, Индокитае, на островах. Тихого океана. За годы японского владычества от голода, болезней и жестокой эксплуатации погибло около четырех миллионов жителей Нидерландской Индии.
Осенью 1943 г. японцами на Яве была сформирована из индонезийцев добровольческая «Армия защитников родины» (ПЕТА) — территориально–вспомогательное войско на случай вторжения союзников. К 1945 г. в ней состояло около 37 тыс. человек (80 отдельных батальонов, лишенных связей друг с другом и общего командования). Подавляющее большинство офицеров были индонезийцы, инструкторы и наставники — японцы. Солдаты ПЕТА подвергались жесточайшей муштре и интенсивной идеологической обработке.
