7 декабря 1941 г. через несколько часов после удара японской авиации по Пёрл–Харбору генерал–губернатор НИ объявил Японии войну. ГАПИ и МРИ поспешили заявить о поддержке борьбы союзников против фашистского блока и предали генерал–губернатору сотрудничество при условии установления «политической, экономической и социальной демократии». Но голландцы игнорировали и это предложение, что способствовало новым успехам японской пропаганды. Сарекат Ислам в конце декабря 1941 г. перешел на открыто антиголландские позиции и, обвинив ГАПИ и МРИ в пресмыкательстве перед голландской администрацией, вышел из их состава.
Голландцам оставалось лишь уповать на США и Англию: колониальная армия не превышала 40 тыс. солдат (с ополчением и «туземной милицией» — 100 тыс.). Танков и артиллерии было мало, ВМС включали лишь 12 боевых кораблей и 22 подлодки. ВВС состояли из 280 самолетов всех типов. И флот и авиация были численно несопоставимы с японскими и безнадежно устарели.
10 января 1942 г. захватом нефтеносного острова Таракан (Восточный Калимантан) японцы открыли военные действия. В том же месяце они оккупировали и другие нефтяные районы. Голландцы, отходя, взрывали нефтяные вышки и хранилища, применяя тактику «выжженной земли». В феврале японские ВМС наголову разгромили равную по силе англо–голландско–американскую эскадру в Яванском море у о. Бавеан. Их войска высадились на Яве и Суматре. Захватив столицу НИ, они наносили удар за ударом по отступавшей голландской армии и 9 марта 1942 г. приняли ее капитуляцию. Небольшое число голландских высших чиновников и военных бежали в Австралию, не забыв, однако, захватить с собой коммунистов — узников Бофен Дигула.
Индонезийское население встретило японские войска, нс проявляя враждебности, часть его даже приветствовала их приход в надежде на освобождение от колониального ига при их содействии.
