Неплюев очень ловко разъединил бунтовщиков, привлекши на свою сторону мещеряков и тептярей, и при содействии сеитовских татар так перессорил башкирцев с киргизами, что между ними произошла междоусобная резня, кончившаяся тем, что киргизы откочевали в глубь степей, а мятежники башкиры бежали в горы и леса; остатки их впоследствии возвратились назад из степей и принесли раскаяние в своих поступках, сделавшись навсегда врагами киргиз. Батырша был взят в плен мещеряками и в 1757 году заключен в Шлиссельбургскую крепость.
По замечанию многих историков, бунт этот был последней попыткой башкир вытеснить русских и воспрепятствовать их дальнейшему движению вглубь Средней Азии. И действительно, в дальнейшем башкиры, как и вообще инородцы и русская вольница Поволжья, Урала, Камы, Вятки и Белой, лишь примыкали к разным движениям под предводительством чужих главарей. А впоследствии (в 1798 году) из башкир было сформировано особое иррегулярное войско главным образом для содержания кордонов по Оренбургской пограничной линии. Нужно еще заметить, что причиной возникновения башкирских бунтов нередко служили разные злоупотребления местной администрации.
В 1761 году была первая перепись населения города Оренбурга.
Неплюев прочно поставил в Оренбурге торговлю с средне-азиатскими народами. Для зимней торговли он устроил в городе гостиный двор, а для летней ― меновой двор за рекой Уралом. С 1748 по 1755 год вывезено из Азии в Оренбург и объявлено в таможне, большею частью в персидской, индейской и бухарской монете: золота 55 пудов и серебра 4600 пудов. Благодаря заботам и трудам Неплюева торговля Оренбургского края с каждым годом все более и более расширялась.
Не менее плодотворной была деятельность Неплюева и в отношении развития горнозаводской промышленности в Оренбургском крае, где до него не было ни одного завода, а в течение 16 лет управления краем Неплюева было заведено 28 заводов, из них медеплавильных 15 и железоделательных 13. Известные изделия из козьего пуха «Оренбургские пуховые платки» также получили свое начало при Неплюеве благодаря Рычкову.
Особенного внимания заслуживает деятельность Неплюева и в отношении развития промышленности в Оренбургском крае. В киргизской степи, как уже замечено, возникло новое укрепление ― Илецкая Защита, место добывания поваренной соли, и улучшено рыболовство по реке Яику (Уралу).
В 1766 году появились слухи о самозванном Петре III, скрывавшемся на Яике
