В 1745, 1746 и 1747 годах киргизы делали частые набеги на русские пограничные селения и волжских калмыков, переходя по льду северного побережья Каспийского моря, ниже Гурьева, какое обстоятельство снова побудило Неплюева к устройству крепостей по рекам Уралу, Ую и Исети.
В 1754 году сотник Оренбургского казачьего войска Углицкий в киргизской степи на свой счет построил небольшую защиту с батареями ― «Илецкую Защиту» (ныне безуездный город). В том же году Неплюев приступил к устройству Сибирской линии[18]. Пограничная Оренбургская, или Яицкая, линия начиналась от города Гурьева и шла до пределов Сибирского ведомства на протяжении 1750 верст.
В 1752 году между Оренбургом, Челябинской и Троицкой крепостями благодаря заботам Неплюева был учрежден почтовый тракт на протяжении почти 700 верст.
К концу управления краем Неплюева, от Оренбурга по всем направлениям шли укрепления, непрерывной цепью охватывавшие инородческие поселения. Так, на юг шла линия Нижне-Яицкая с 9 крепостями и 18 форпостами, к западу по реке Самаре простиралась Самарская линия с 9 крепостями и 3 редутами, к востоку ― двойной ряд военных поселений по реке Яику или Уралу (560 верст), 10 крепостей и 16 редутов, и по реке Сакмаре 10 крепостей и 2 редута. Вообще при Неплюеве было в Оренбургском крае около 114 укрепленных мест.
Для заселения их были употреблены полки, оберегавшие раньше Закамскую линию. По сети названных укреплений были расселены еще четыре полка, образованные из служилых людей, городовых дворян, драгун и проч., два полка, сформированные из городовых служилых людей Уфимской провинции и сибирских недорослей, и, наконец, Оренбургское казачье войско, организованное из разного местного и пришлого люда, между прочим из крещеных калмык, выходцев из города Ставрополя, и всех поселившихся в крепостях. В 1755 году был издан особый штат Оренбургского казачьего войска.
В 1755 году, во время управления краем Неплюева, вспыхнул башкирский бунт под предводительством мещерякского муллы, известного в народе под именем Батырши Алеева, который разослал по всему магометанскому населению воззвание к восстанию против русских. Сборным пунктом повстанцев явилась киргиз-кайсацкая орда. Шайка бунтовщиков-башкир на Ногайской дороге убила присланного из Петербурга «каменотесца» Брагина, а на Исетском тракте разорила почтовую станцию и убила несколько человек, забрала жен, детей, скот, разные пожитки и скрылась в киргизские степи, всего же переправилось через Яик (Урал) более 50 тысяч человек.
