По прибытии на Балтику "Кельн" на короткое время был приписан к школе морской артиллерии в Засснице, а 26 июня он отправился на верфь фирмы "Дойче Верке" в Киле для профилактического ремонта. 10 августа он покинул завод, чтобы перейти в Готенхафен. 16 августа произошло небольшое столкновение с подводной лодкой "11-70", не имевшее никаких последствий для корпуса крейсера. Следующие 3 месяца он провел в учениях и упражнениях в южной части Балтийского моря, вблизи германского побережья.
В начале декабря "Кельн" вернулся в Киль и принял мины с плавбазы "Лаутинг". Ему вместе с "Нюрнбергом" предстояла постановка заграждения у входа в Скагеррак. 4 декабря оба крейсера вышли в море в прикрытии миноносцев 1 -й и 2-й флотилий, однако ураганный ветер и сильное волнение заставило командование прервать операцию. "Кельн" вернулся в Свинемюнде, где сдал на берег свой опасный груз. На сей раз крейсеру предстояло надолго остаться на Балтике.
Остатки крейсерских сил Германии - устаревший "Эмден", "калека" "Лейпциг", отремонтированный после торпедного попадания "Нюрнберг" и "Кельн", единственный из новых кораблей, не имевший "боевых шрамов", предназначались теперь для чисто учебных целей. В число основных задач входили: базовое обучение новобранцев, включая тренировки с боевым вооружением, обучение старших офицеров командованию крупным боевым кораблем, курсы для младших офицеров по руководству боевыми подразделениями и службами, и, наконец, столь знакомые по предвоенной службе учебные походы с использованием крейсеров в качестве целей для подводных лодок и надводных кораблей. Предполагалось также применять учебные корабли для различных экспериментов.
В одном из таких экспериментов принял участие и "Кельн". Давнишние опыты с первыми образцами вертолетов, начатые в 30-е гг с участием "систершипа" "Карлсруэ", продолжились в начале 1941 г. Аппарат Флеттнера "FI-282" "Колибри", развивавший скорость 150 км/час, потенциально весьма полезный в качестве корабельного средства, совершил несколько удачных полетов; теперь требовалось испытать его на корабле. С 28 марта "Кельн" переоборудовали, установив на крыше возвышенной кормовой башни деревянную платформу площадью 15 кв.м, предназначенной для взлета и посадки вертолета. Хотя испытания в апреле 1941 г прошли в общем успешно, дело не пошло дальше нескольких предсерийных образцов. Массовый заказ (1000 штук), дебатировавшийся в 1944 г, запоздал во всех отношениях. По завершении испытаний деревянный помост с башни сняли, и "Кельн" вернулся к учебной ’службе, принявшей к этому времени весьма стройные очертания.
