12 декабря последовал роковой для германских легких крейсеров выход к Доггер-Банке, известный как операция "Нанни-Софи" (эта операция подробно описана в истории "Лейпцига". "Кельн" оказался единственным из участвовавших в ней крейсеров, не пострадавшим от атаки британской ПЛ "Сэмон", и после того как "Нюрнберг" отправился на ремонт, стал флагманским кораблем разведывательных сил, выполняя эту почетную задачу до мая 1940 г (на нем держали свой флаг сначала контр-адмирал Льютенс, а затем сменивший его контр- адмирал Шмундт). Впрочем, активность немецкого флота в этот период упала практически до нуля, и "Кельн" выполнял свои функции чисто представительски. Всю зиму 1939/40 гг он простоял в Кильской бухте, перейдя в конце марта в Вильгельмсхафен для участия в предстоящих "Учениях на Везере".
Подготовка и ход операции по захвату норвежского порта Берген, в которой "Кельн" являлся флагманским кораблем, подробно описана ранее, в истории "Кенигсберга". Следует еще раз отметить, что в ней "Кельну" посчастливилось дважды: во-первых, он не получил ни одного попадания с береговых батарей, а во- вторых, успел уйти из порта вечером 9 апреля до атаки британских пикирующих бомбардировщиков. "Кенигсберг" принял на себя всю порцию бомб, предназначавшуюся и ему, и его удачливому "систершипу", который благополучно прибыл в Гельголандскую бухту рано утром 11 апреля.
Однако тяжелые потери, понесенные германским флотом в норвежской операции, в ходе которой погибли оба однотипных с "Кельном" крейсера, сказались и на нем самом. Активность ВМФ Германии упала почти до нуля; в частности, Разведывательные силы практически перестали существовать. "Кельн" простоял 2 недели в Вильгельмсхафене, затем был переведен на Балтику, в Свинемюнде, где и оставался до начала мая.
11 мая последовал приказ перейти в Вильгельмсхафен, где крейсер поступил в распоряжение группы "Запад". Ему предписывалось выполнить минную постановку в Северном море, у банки Фишер. 14-го мины были приняты на борт, но ухудшившаяся погода заставила перенести операцию на 16 мая, когда отряд в составе "Кельна", учебного корабля Трилле" (также имевшего мины) эсминцев "Байтцен, "Шеманн" и миноносцев "Кондор" и "Грайф" вышел в море. Постановка прошла успешно, и 18 мая корабли благополучно вернулись на базу, не замеченные противником. Тут же последовал второй выход, в том же составе и с теми же целями, аналогичным образом прошедший без неприятных событий. После прихода домой "Кельн" и "Грилле" получили новый приказ - перейти в Балтийское море.
