Остаток 1937 года "Кельн" провел в учениях на Балтике, а в конце января следующего года снова встал на двухнедельный ремонт все в тот же док N 6 фирмы "Дойче Верке" в Киле. В марте последовали маневры в Северном море и короткий поход в норвежский порт Кристиансанн. Далее "Кельн" ждал более продолжительный ремонт - сначала в Киле (13-16 марта), а затем в доке N 4 в Вильгельмсхафене (по 30 апреля). После возвращения в Киль в начале мая состоялись пробные артиллерийские стрельбы, продолжившиеся 17-19 мая уже в Северном море. Затем вновь Балтика, короткий визит в Ригу, стоянка в Киле и опять переход в Северное море. За лето 1938 г крейсер совершил 5 переходов между обоими морями, активно участвуя в маневрах и выполнив несколько стрельб боевыми зарядами. 19-22 августа он присутствовал на грандиозном морском параде, завершившимся спуском на воду в присутствии Гитлера и венгерского регента адмирала Хорти нового тяжелого крейсера "Адмирал Хиппер". В сентябре и октябре продолжились учения в обоих морях, сопровождавшиеся стрельбами главным и зенитным калибрами. Высокая ходовая активность требовала тщательного технического обслуживания, и 31 октября "Кельн" встал на традиционный зимний ремонт на заводе "Дойче Верке" в Киле.
Работы в доке закончились в начале января, однако доделки наплаву продолжались еще месяц, и лишь 2 февраля обновленный "Кельн" вышел в море. Первый поход 1939 г оказался очень коротким: через Кильский канал в Гамбург и обратно. В марте и первой половине апреля последовали учения на Балтике, продолжившиеся с 17 апреля в Северном море. В мае крейсер участвовал в больших атлантических маневрах набиравшего силу германского флота, в ходе которых он посетил Лиссабон. 17 мая "Кельн" вновь прибыл на Балтику, где и находился до конца лета (за исключением непродолжительного появления на Северном море в июне).
Начало второй мировой войны "Кельн" встретил в Балтийском море. Еще до ее начала он занял позицию между о.Борнхольм и Данцигской бухтой в надежде перехватить польские суда, уходящие на Запад. Однако удача ему не сопутствовала: к этому времени все боевые корабли Польши либо уже миновали заслон, либо не могли двинуться в путь. С 1 сентября вместе с "Лейпцигом", "Нюрнбергом" и "Кенигсбергом" "Кельн" находился в Северном море. 3-8 сентября крейсера участвовали в постановке минного заграждения ("Западного вала"), а 8-10 октября приняли участие в выходе германского флота в северную часть Северного моря, предпринятом в духе действий Флота Открытого моря в первую мировую войну. 10 октября "Кельн" вместе с "Гнейзенау" и 9 эсминцами вернулся в Киль. В ноябре он вместе с карманным линкором "Дойчланд", "Лейпцигом" и 6-й флотилией миноносцев участвовал в больших маневрах в Балтийском море, руководство которыми осуществлял командующий разведывательными силами контр-адмирал Льютенс.
