Папа Григорий VII ожесточенно боролся против симонии (продажи церковных должностей). Крупный конфликт произошел между папой и императором Генрихом IV из-за инвеституры. Епископы получали посох и кольцо (символы епископской должности) из рук императора или монарха, как обычные вассалы. Григорий решил вырвать духовенство из системы феодальных отношений и настаивал, что епископские регалии может вручать только папа. Несмотря на сильное противостояние, Григорий и в этот раз, как и в случае с целибатом, одержал победу.
Самый серьезный конфликт начался у папы с императором из-за Миланского архиепископства в 1075 году. Генрих назначил нового архиепископа без согласия понтифика, за что тот пригрозил ему отлучением от церкви и низложением с престола. Тогда император созвал собор верных ему епископов, на котором Григорий VII был обвинен в клятвопреступлении, блуде и плохом отношении к духовенству. Епископы вместе с императором объявили о низложении папы.
Григорий действовал в данной ситуации решительно. Он поднял против императора мятежных саксонцев, до этого уже бунтовавших против Генриха, и сумел переманить на свою сторону епископов. В 1077 году император вынужден был сдаться и просить отпущения грехов. Когда он предстал перед Каносским дворцом, резиденцией папы, то должен был в течение трех дней стоять на зимнем холоде босиком и в облачении кающегося грешника. Затем он на коленях выпросил прощение и был возвращен в лоно церкви.
Несмотря на видимость триумфа, прощением императора Папа оттолкнул от себя многих союзников в борьбе с Генрихом. Они избрали антиимператора Рудольфа, но Григорий долго не мог решить, за кем из двух противников оставить корону. Все же он не доверял Генриху и в 1080 году объявил императором Рудольфа.
Однако это было сделано слишком поздно, так как Генрих успел расправиться с большинством из своих врагов и антиимператор не имел реальной поддержки.
Союзники императора среди высшего духовенства избрали антипапу, вновь короновавшего Генриха. Григорий призвал на помощь норманнов, изгнавших императора вместе с антипапой. Но варвары, не удовлетворившись этим, пошли на Рим и захватили Вечный город. Они увезли папу в плен, где он и оставался до конца своих дней.
Противостояние папства с императорской властью не прекратилось и в ХII веке. Урбан II продолжил политическую линию Григория VII, стремясь к усилению церковной власти. Он поднял престиж католической церкви, провозгласив I Крестовый поход.
