Напряженная работа в Генеральном штабе, часто без отдыха, не могла не сказаться на здоровье Бориса Михайловича: оно резко ухудшилось. Болезнь обострялась, и в мае 1942 года Борис Михайлович обратился в Государственный Комитет Обороны (ГКО) с просьбой перевести его на другой участок работы. Просьба была удовлетворена. ГКО возложил на него, как на заместителя Народного комиссара обороны, обязанность: в меру своих сил оказывать содействие коллективам профессоров и преподавателей Высшей военной академии и Военной академии имени М.В. Фрунзе, руководить работой по составлению истории Великой Отечественной войны. Ему было поручено также организовать пересмотр старых и руководство разработкой новых боевых уставов и наставлений Красной Армии, обобщив в них боевой опыт войны. ГКО обязывал Б.М. Шапошникова посвящать работе не более пяти-шести часов в сутки. И на этом посту Б.М. Шапошников оставался верен себе. Работал много. Комиссия, которую он возглавлял, в короткий срок рассмотрела проекты нового Боевого устава пехоты, Полевого устава, боевых уставов родов войск.
По предложению Б.М. Шапошникова в Генеральном штабе в 1942 году был создан специальный отдел, который обобщал опыт войны и заботился о том, чтобы он полнее использовался в войсках. Этот отдел был развернут в управление. Совместно с Военно-историческим отделом Генерального штаба это управление заложило основу научной разработки истории Великой Отечественной войны.
В сентябре 1942 года Борис Михайлович рассмотрел подготовленные Военно-историческим отделом материалы, обобщавшие зимние наступательные операции, проведенные Красной Армией в 1941 году. Он сделал обстоятельные замечания и рекомендовал более глубоко исследовать боевые действия зимой, сделать четкие выводы и выработать практические рекомендации для войск. Б.М. Шапошников обратил внимание Военно-исторического отдела на необходимость освещения боевых действий Красной Армии с начала войны и до середины октября 1941 года. За этот период, указывал он, много оперативных и иных документов не сохранилось — они были уничтожены отходившими частями и штабами, между тем этот период насыщен большим числом примеров героических действий наших войск при отходе из окружения под ударами превосходящих сил противника. История не может пройти мимо этих примеров массового героизма советских воинов.
Под редакцией Бориса Михайловича в это время опубликован ряд сборников, в которых освещены важнейшие операции Великой Отечественной войны. Под его же непосредственным руководством и при прямом участии был создан трехтомный труд о битве под Москвой. Это была, по существу, первая монография по истории Великой Отечественной войны.
