Используя свой многолетний опыт генштабиста, Борис Михайлович настойчиво, последовательно, шаг за шагом, совершенствовал стиль и методы аппарата военно-стратегического и оперативного руководства. Он понимал, что сложный комплекс подразделений, составляющих Генеральный штаб, может успешно действовать лишь при условии, если его руководство будет проявлять гибкость в решении назревших вопросов перестройки и переформирований в войсках, если эти вопросы будут решаться на научной основе, на твердом фундаменте передового опыта, накопленного в ходе войны. Борис Михайлович, не допуская поспешности в работе, вдумчиво подходил к подбору работников Генштаба. Первостепенное значение он придавал работе ведущих управлений и отделов Генерального штаба, особенно тщательно подбирал в них кадры. Контроль, который осуществляло Политбюро ЦК ВКП(б) за работой Генштаба, за подбором его кадров, благотворно сказывался на деятельности Бориса Михайловича.
Нельзя не отметить, что Б.М. Шапошников проявлял постоянную заботу об организации четкой и непрерывкой связи, добиваясь от Оперативного управления, чтобы оно поддерживало самую тесную связь с войсками.
Борису Михайловичу нередко приходилось отводить для себя лишь два-три часа для сна. Особенно напряженными для Генштаба были октябрь и ноябрь 1941 года. В глубокой тайне, с привлечением лишь двух-трех человек из Оперативного управления, при не затихавших оборонительных боях изыскивались боевые средства и резервы для нанесения ударов по врагу под Ростовом, Тихвином, а затем и под Москвой.
В тяжелые октябрьские дни 1941 года Генштаб был эвакуирован из Москвы. Б.М. Шапошников с частью его состава налаживал в тылу запасный пункт управления. В Москве в распоряжении Верховного Главнокомандующего оставалась небольшая оперативная группа. Трудно переоценить то колоссальное напряжение воли, ума, всех способностей, которые проявили Борис Михайлович и его воспитанники в эти тяжелые для страны месяцы. К началу контрнаступления под Москвой Генеральный штаб, несмотря на весьма сложную обстановку, выполнил возложенные на него задачи.
В годы суровых испытаний, выпавших на долю Советского государства, Б.М. Шапошников оправдал оказанное ему доверие. Он отдал Родине все свои знания и опыт, накопленные более чем за сорок лет военной службы, внес большой вклад в достижение победы над врагом. Именно в этот период его деятельности завершается превращение Генерального штаба в подлинный мозг Советских Вооруженных Сил.
