Кроме капитальных работ Военно-исторического отдела и Управления по использованию опыта войны Б.М.Шапошников просматривал различные статьи и предложения, которые ему присылали на консультацию партийные и правительственные органы. Он знакомился с работой военных архивных учреждений, давал ценные советы о сборе и порядке хранения документальных материалов.
В октябре 1942 года Борису Михайловичу было поручено возглавить редакцию по подготовке Краткого курса истории войн и военного искусства. (Напомним, что работа над этой книгой началась раньше.) В состав авторов были включены опытные работники Военно-исторического отдела Генерального штаба. К середине марта 1943 года рукопись Краткого курса истории войн и военного искусства была закончена и представлена Б.М. Шапошникову. Изучив ее, Борис Михайлович в мае того же года высказал свои замечания, советы. Он считал, что осветить многогранные проблемы и опыт военной истории в одной книге, видимо, невозможно.
С 25 июня 1943 года по 26 марта 1945 года Б.М. Шапошников является начальником Высшей военной академии (ныне Военная академия Генерального штаба). И здесь, будучи уже тяжело больным, он не прекращал большой организационной и военно-теоретической работы, заботливо воспитывал офицеров и генералов, способных к оперативной работе в штабах и командованию крупными соединениями и объединениями войск. В жесткие сроки академия подготовила не одну сотню высококвалифицированных генштабистов и военачальников, проявивших высокие боевые и моральные качества на фронтах Великой Отечественной войны.
Борис Михайлович страстно любил жизнь. Он был неутомимым тружеником. Без работы на благо Родины он не мыслил своего существования. Буквально за несколько часов до смерти, почувствовав временное улучшение, он строил планы дальнейшего развертывания работы по обобщению опыта Великой Отечественной войны и внедрению его в практику подготовки войск.
Жизнь, полководческая деятельность и военно-теоретическое наследие Маршала Советского Союза Б.М. Шапошникова — яркие страницы советской военной истории, которые учат верности делу Коммунистической партии и самоотверженности в служении социалистической Родине.
Военно-теоретическая работа Б.М. Шапошникова, тесно связанная с его практической деятельностью, охватывала большой круг проблем. Заслуживают внимания его взгляды на характер Второй мировой войны, на задачи дальнейшего укрепления Советских Вооруженных Сил, его суждения о роли и значении органов стратегического и оперативного руководства в мирное и военное время. Большую ценность представляют его высказывания и о методике подготовки штабов и командных кадров.
