Можно видеть определенную иерархию в управляющих центрах, присутствующих в живых организмах. На нижнем уровне находятся управляющие центры молекулярных машин. На то, что они автономны и связаны непосредственно с физическим телом самой молекулярной машины, а не всей клетки, указывает их способность работать и вне клетки. Однако молекулярную машину вряд ли можно считать полноценным живым существом, так как в отсутствии команды на начало работы, она ведет себя как неживое тело. Примерно также ведет себя и вирус, разница в том, что молекулярная машина помогает клетке, а вирус разрушает ее. Управляющий центр клетки уже настолько сложен, что клетку вполне можно признать живым существом, так как у нее есть все основные признаки живого существа: стремление поддерживать свою структуру и функциональность, то есть жизнь, и способность к воспроизведению себе подобных. Клетка обеспечивает согласованную работу всех многочисленных молекулярных машин в своем теле, то есть ее управляющий центр имеет доступ к управляющим центрам молекулярных машин, и его команды имеют приоритет для них. Аналогичная иерархия имеет место между командным центром организма и множеством клеток в его составе.
Когда клетка, как в случае бактерии, всего одна, то ее главная цель – собственное выживание; если же она находится в составе организма, то она может получать команду на самоуничтожение в интересах выживания всего организма. Например, внутри клетки существуют специальные органеллы, они называются лизосомы, для собирания и уничтожения ненужного мусора. А при превращении головастика в лягушку, лизосомы, находящиеся в клетках хвоста, получают соответствующие команды и переваривают его клетки, то есть хвост исчезает, а образовавшиеся во время этого процесса вещества используются другими клетками тела. Похожая ситуация имеет место при превращении гусеницы в бабочку: там за короткое время кардинально перерождаются почти все клетки организма.
Управляющий центр организма может перестраивать и модифицировать управляющие программы клеток под свои нужды. Например, клетки могут дифференцироваться, то есть в процессе деления возникает не точная копия родительской клетки, а клетка другого типа с другими функциями и задачами в организме. Еще один любопытный пример нарушения привычного представления о том, что для создания белка нужен кодирующий его ген, дает адаптивная иммунная система организма. Для защиты организма от огромного количества возможных антигенов (чужеродных белков или углеводов) эта иммунная система способна вырабатывать миллионы различных антител. Если бы каждое антитело кодировалось одним геном, то потребовались бы миллионы генов, а ведь даже у человека генов всего около тридцати тысяч. При попадании неизвестного антигена в организм в нем начинается настоящая гонка на выживание. В срочном порядке запускаются процессы генерации множества различных новых антител, и если нужное антитело получено, то следующий этап состоит в быстром налаживании его массового производства, пока внедрившиеся чужеродные антигены не привели к смерти всего организма. Другими словами, иммунная система работает как хорошая научная лаборатория при поиске необходимой вакцины против нового вируса.
