Соловецкий игумен Паисий наговорил много ложного на митрополита. За усердие ему обещали епископский сан.
Обвинительный акт, составленный на многих ложных показаниях, глава следственной комиссии епископ Пафнутий отказался подписать.
Опричники немало потрудились, собирая отцов православной церкви на собор. Кого купили деньгами и повышением в должности, а кого припугнули тюрьмой и смертным страхом.
Наконец собор был созван. Нашлись завистники и клеветники. Игумен Паисий и духовник царя Ивана благовещенский протопоп Евстафий превзошли в подлости, доносах и клевете всех остальных.
Митрополита на собор не допустили.
4 ноября собор постановил лишить владыку святительского сана. Однако царь Иван приказал ему служить обедню в день архангела Михаила.
6 ноября казанскому архиепископу Герману, стоявшему на соборе за митрополита, отсекли голову.
В этом году зима вступила в свои права рано. Целую неделю шел снег. Держались морозы, и по Москве наладилась санная дорога.
Наступил назначенный Михайлов день43. В Успенском соборе началась служба. Митрополит Филипп в полном облачении стоял перед алтарем. Народу было много, так же, как весной, в памятное воскресенье. И так же, как тогда, в храме появились опричники в черных одеждах. Боярин Алексей Басманов прервал службу, объявил царский указ о низложении Филиппа и велел читать постановление церковного собора.
Люди, заполнившие церковь, застыли в ожидании. Дьяк Андрей Щелкалов, твердо выговаривая слова, раздававшиеся в церкви подобно ударам молота, читал бумагу. Собор обвинил митрополита Филиппа в порочном поведении, скаредных делах и лишал его святительского сана. По церковным законам он должен бы быть посажен в деревянную клетку и сожжен живым. Но духовенство, участвовавшее в соборе, просило царя заменить огневую казнь вечным заточением в монастырской темнице.
— Отселе Филипп не будеши митрополит и священная да не действуеши, но будешь яко простой монах, — закончил дьяк Щелкалов.
С последним его словом опричники вторглись в алтарь. Малюта Скуратов, грязно ругаясь, два раза ударил Филиппа кулаком в лицо. Сорвал с него святительскую одежду, сбил с головы митру. А Василий Грязнов напялил на него старую монашескую рясу в заплатах и дырах. Голову покрыл шутовским колпаком.
— Вон из церкви, — орали опричники, — изменник государев!
Разжалованный митрополит в срамной одежде показался из алтаря и, пошатываясь, направился к выходу. Удары Малютиного кулака ослепили его, он двигался, ничего не видя, натыкаясь на людей. Опричники подгоняли его метлами. В церковной толпе роптали, многие пытались собой заслонить владыку. Из паникадила вывалилась оплывшая свеча и упала в толпу. Кто-то испуганно вскрикнул.
