С 16 января 1898 г. Василий Егорович был прикомандирован к штабу Приамурского военного округа для исполнения должности старшего адъютанта, а 3 апреля 1898 г. направлен в Порт-Артур в распоряжение начальника 3-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады.
На новом месте службы Флуг также развил бурную всестороннюю деятельность: участвовал в полевой поездке офицеров флота, Генерального штаба и строевых войск для изучения районов крепости Порт-Артур (с 24 апреля по 5 мая 1898 г.); исполнял должность начальника штаба войск Квантунского полуострова (с 10 по 14 мая, с 21 мая по 13 июня, с 21 июля по 9 октября 1898 г.); был членом комиссии по вооружению крепости Порт-Артур (с 16 октября 1898 г.); помогал командиру Восточно-Сибирского стрелкового артиллерийского дивизиона при проведении зимних тактических занятий с офицерами.
22 июня 1899 г. В.Е. Флуг был назначен исполняющим должность начальника штаба войск Квантунского полуострова, впоследствии — 3-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады (с 16 сентября 1899 г.), а с 16 октября 1899 г. стал исполнять должность начальника военного отдела штаба Квантунской области.
На новом посту Флуг курировал госпитали Квантунской области, наблюдал за деятельностью Порт-Артурской приготовительной школы Военного министерства. В этот период он был награжден орденом Святого Станислава 2-й степени (23 января 1900 г.).
С 7 марта 1900 г. Василий Егорович исполнял обязанности начальника штаба Квантунской области по военному отделу, где 9 апреля его застало производство в полковники.
Рост по службе неуклонно продолжался — 20 июня 1900 г. В.Е. Флуг был назначен обер-квартирмейстером и начальником полевого штаба войск Квантунской области и морских сил Тихого океана, 22 июня 1900 г. — начальником военного отдела штаба Квантунской области, а 22 августа — обер-квартирмейстером полевого штаба войск Квантунской области. Тогда же он был награжден орденом Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом (28 октября 1900 г.) и золотым оружием с надписью «За храбрость» (15 марта 1901 г.).
27 апреля 1901 г. В.Е. Флуг был прикомандирован к Главному штабу, а с 16 мая по 17 ноября к 1-му Лейб-драгунскому Московскому полку (для ознакомления с общими требованиями управления и ведения хозяйства в кавалерийских частях). Интересен тот факт, что с 27 июля по 5 августа 1901 г. Флуг руководил первой группой офицеров в кавалерийской поездке в район г. Мценска Орловской губернии.
