12 января 1902 г. Василий Егорович возвратился к штатному месту службы, вступив 16 января в должность начальника военного отдела штаба Квантунской области, а с 21 января был назначен исполняющим должность начальника штаба области.
В этот период В.Е. Флуг командировался в Мукден, участвовал в поездках в Южную Маньчжурию, Пекин, Шанхай-Гуань. 1 января 1904 г. он назначается начальником временного военного штаба наместника Его Императорского Величества на Дальнем Востоке, а 29 января 1904 г. — генерал-квартирмейстером Полевого штаба наместника. Со 2 по 26 февраля 1904 г. Василий Егорович исполнял высокую должность начальника полевого штаба наместника.
В рассматриваемый период он был награжден крестами: офицерским французского ордена Почетного легиона и командорским бельгийского ордена Леопольда, знаком Российского общества Красного Креста. 15 декабря 1903 г. Флугу Высочайше было разрешено принять и носить прусский орден Красного Орла 2-го класса с мечами. 15 октября 1904 г. за отличия в делах против японцев он был награжден орденом Святого Владимира 3-й степени с мечами. 22 мая 1905 г. Высочайше ему было разрешено принять и носить большой офицерский крест итальянского ордена Короны.
23 августа 1903 г. Василий Егорович был назначен временно исполняющим должность начальника временного военного штаба наместника Его Императорского Величества на Дальнем Востоке, а 27 августа 1903 г. произведен в генерал-майоры.
27 ноября 1904 г. В.Е. Флуг поступил в распоряжение главнокомандующего всеми сухопутными и морскими вооруженными силами, действующими против Японии, а 14 января 1905 г. стал исполнять должность генерал-квартирмейстера 2-й Маньчжурской армии.
10 июля 1905 г. он был назначен временно исполняющим должность начальника штаба 2-й Маньчжурской армии и награжден орденом Святого Станислава 1-й степени с мечами (13 июля 1905 г.). Являлся Василий Егорович и автором работ, посвященных Русско-японской войне>{183}.
Впоследствии В.Е. Флуг назначается военным губернатором Приморской области, одновременно являясь наказным атаманом Уссурийского казачьего войска (с 21 сентября 1905 г.). В этот период генерал также становится обладателем ряда наград: за отличие в делах с японцами он награжден орденом Святой Анны 1-й степени с мечами (23 сентября 1905 г.); удостоен светло-бронзовой медали на Александровской и Георгиевской ленте в память Русско-японской войны 1904—1905 гг. (5 мая 1906 г.); медали Российского общества Красного Креста за участие в деятельности Красного Креста во время войны 1904—1905 гг. с Японией (22 января 1907 г.).
