Следующий этап службы офицера был связан с восточной окраиной России — 26 ноября 1890 г. В.Е. Флуг был назначен начальником строевого отделения штаба Владивостокской крепости. В данный период Василию Егоровичу довелось временно исполнять должность начальника штаба Владивостокской крепости (с 1 декабря 1891 г. по 8 января 1892 г.; с 7 по 12 февраля, с 9 по 18 апреля, с 21 июня по 15 сентября, с 29 сентября по 21 октября 1892 г.; с 15 января по 25 февраля 1893 г.).
5 апреля 1892 г. Василий Егорович был произведен в капитаны.
В этот период Флуг приобретал и практический опыт полевой службы — так, он был командирован в распоряжение военного губернатора Приморской области для поверки съемок притоков р. Уссури — Бикина, Ваку и Имы, а с 15 сентября по 1 октября 1892 г. являлся руководителем полевой поездки офицеров войск Южно-Уссурийского отдела и крепости Владивосток.
Офицер Генерального штаба должен был пройти через цензовое командование ротой или эскадроном — и с 4 октября 1893 г. В.Е. Флуг был прикомандирован на 1 год к 11-му драгунскому Харьковскому полку (командовал 1-м эскадроном полка).
22 ноября 1893 г. Василий Егорович был награжден орденом Святого Станислава 3-й степени — своей первой наградой. А 20 января 1894 г. он назначен членом полкового суда, что свидетельствовало о высоких моральных и нравственных качествах Флуга.
Впоследствии Василий Егорович был старшим адъютантом штаба Кавказской гренадерской дивизии (с 6 октября 1894 г.), а с 15 апреля по 19 июня 1895 г. временно исполнял должность начальника штаба Кавказской гренадерской дивизии. В период службы на Кавказе с 25 июня по 15 июля 1895 г. он был командирован для участия в полевой поездке офицеров Генерального штаба в Чечню и Дагестан, а с 1 сентября 1895 г. состоял внештатным преподавателем Тифлисского пехотного юнкерского училища.
С 1896 г. служба В.Е. Флуга вновь (и уже надолго) связана с Дальним Востоком. Так, 16 февраля он был назначен исполняющим должность штаб-офицера при управлении 2-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии, а 24 марта произведен в подполковники с утверждением в должности штаб-офицера. На этой должности 14 мая 1896 г. он удостоился награждения орденом Святой Анны 3-й степени.
Стремление к активности красной нитью проходит через всю армейскую карьеру В.Е. Флуга. Так, он был командирован с охотничьими командами 6-го и 10-го Восточно-Сибирских стрелковых батальонов для исследования переправ через пограничную реку Тумень-Улу (с 24 марта по 4 апреля 1897 г.); состоял членом комиссии по освидетельствованию ремонтных работ в зданиях инженерного ведомства в урочищах Новокиевском, Новгородском и Славянке (с 22 по 27 апреля 1897 г.); был командирован с охотничьими командами 7-го и 9-го Восточно-Сибирских стрелковых батальонов для рекогносцировки районов подвижных сборов между урочищами Новокиевским и Барабашем (с 16 по 30 июня 1897 г.); участвовал в полевой поездке офицеров Генерального штаба в Посьетском участке Южно-Уссурийского округа (с 20 июля по 10 августа 1897 г.); руководил полевой поездкой офицеров войск Южно-Уссурийского отдела в урочище Новокиевское (с 25 сентября по 5 октября 1897 г.).
