На выставке «Фарнборо-92» с отделением газотурбинных двигателей компании «Текстрон Лайкоминг» был подписан меморандум о взаимопонимании, формально открывавший совместную программу Як-40TL. В 1994 г работы по ней продолжались. Одновременно планировалось заменить устаревшую авионику на современное оборудование фирм Bendix King или Collins. Однако из-за невозможности дальнейшего финансирования работы над Як-40TL были прекращены.
В конце 1990-х гг. свой проект модернизации Як-40 предложило и Тбилисское авиационное объединение. Руководство завода рассчитывало, что сборка модернизированного Як-40 обеспечит стоявшее в те годы предприятие работой. Разработка проекта велась в сотрудничестве с канадской фирмой Kelowna Flightcraft. На встрече с ее представителями, состоявшейся в июне 1999 г. в США, речь шла об установке на Як-40 двигателей американского производства при сокращении их количества до двух. До реализации проекта дело так и не дошло.
В 2011 ГС проектом модернизации и восстановления производства Як-40 выступил бывший глава «Росвооружения» Александр Котелкин. Он считал необходимым и возможным за 3–4 года модернизировать весь парк этих самолетов. СМИ цитировали его: «Работы начнутся через несколько месяцев. И первые самолеты будут введены в эксплуатацию в конце 2012 г.». При этом Котелкин делал ставку на привлечение неких китайских и немецких инвесторов. Многие эксперты, однако, скептически оценили окупаемость этого проекта. Позже о нем ничего не сообщалось.
К 2012 г свой проект модернизации Як-40 был разработан в СибНИА. Его суть состояла в замене двигателей АИ-25 на американские TFE731-3 фирмы Honeywell, а также использовании вместо существующего ПНК комплекса Primus Apex той же компании. На «Гидроавиасалоне-2012» в Геленджике представители СибНИА объявили, что первые обновленные Як-40 можно передать эксплуатантам уже через 3–4 месяца после поступления на доработку. В случае одобрения программы на государственном уровне возможно в течение двух лет наладить ежегодный выпуск до 100 доработанных Як-40.
Развивая идею модернизации Як-40, СибНИА представил там же, в Геленджике, проект «нового» самолета А-ЗТРД- 40. Это по сути тот же Як-40 с тремя двигателями Honeywell TFE731, новым оборудованием и некоторыми изменениями по планеру, включая установку «крылышек Уиткомба». Самолет, рассчитанный на 36–40 пассажиров, должен иметь максимальную взлетную массу 18000 кг при запасе топлива в 6 т и крейсерскую скорость 750 км/ч на высотах выше 6000 м при крейсерской высоте полета 10000 м. СибНИА декларирует возможность создания А-ЗТРД-40 в 2015 г
