8 сентября 1802 г. император Александр I издает манифест об учреждении в России восьми министерств: военных сухопутных сил, морских сил, иностранных дел, внутренних дел, коммерции, финансов, народного просвещения, юстиции, а также государственное казначейство на правах министерства.
В состав Министерства Морских сил вошли Адмиралтейств-коллегия с подчиненными ей экспедициями, Адмиралтейский департамент, ведавший научной работой и подготовкой кадров, Департамент министра Морских сил, выполнявший инспекторские функции, и военная по флоту канцелярия. Адмиралтейств-коллегия, председателем которой был министр, состояла из пяти экспедиций — хозяйственной, исполнительной, артиллерийской, казначейской и счетной и распоряжалась действиями флота, ведала его содержанием и вооружением, а также постройкой судов.
Спустя 13 лет Министерство морских сил было переименовано в Морское министерство. Одновременно с учреждением министерства был создан недоброй памяти «Комитет образования флота».
Работа комитета, заранее направленная монархом, велась под руководством дряхлого графа А.Р. Воронцова, во всем согласного с императором и ни дня не прослужившего во флоте.
Первым министром Морских сил России стал адмирал Н.С. Мордвинов, занимавший до этого назначения должность вице-президента Адмиралтейств-коллегий. Человек, глубоко преданный морской идее, «один из дивных исполинов Екатерины славных дней», как назвал его поэт Рылеев, «сиявший доблестью, и славой, и наукой», по характеристике Пушкина, — Мордвинов не мог работать с комитетом, во главе которого стоял отрицатель флота граф А.Р. Воронцов, и подал прошение об увольнении от должности. Флот лишился самого подходящего министра, «умного, с обширными познаниями в государственных делах и в морском искусстве сведущего».
В 1807 г. во главе Морского министерства стал адмирал П.В. Чичагов — личность весьма посредственная, но авантюрная. С 1811 г. П.В. Чичагов занимал должность главнокомандующего Молдавской армией.
В 1811 г. Морским министром был назначен адмирал И.И. де Траверсе, принятый на русскую службу в 1791 г. из капитанов французского флота. В течение шести лет он командовал гребным флотом. В 1802 г. он был произведен в адмиралы и назначен главным командиром Черноморских портов и военным губернатором Севастополя и Николаева.
Александр, отдавая предпочтение армии, считал флот «расточительной роскошью», что с самого начала работы комитета и сумел внушить его председателю. В своем «Наказе» 1803 г. он наставлял комитет: «Установить состав и размеры флота, соображаясь с морскими силами соседних государств, рассмотреть изданные прежде узаконения и штаты и, определив от них всякое излишество, оставить полезнейшее, привести все в возможную ясность и краткость». Состав Балтийского флота должен был равняться датскому и шведскому флотам, вместе взятым, а Черноморского — турецкому.
