Ведущей организацией по разработке системных вопросов, средств автоматизации, управления и связи был НИИ № 5 Главного артиллерийского управления МО СССР (с 1966 г.
— Московский научно-исследовательский институт приборной автоматики, МНИИПА). Доработка комплексов РЛК «Алтай» велась с 1963 г, под руководством И.М. Иноземцева и Я.И. Левита. Для автоматизированного радиотехнического узла (АРТУ) «Межа», предназначенного как для формирования единого радиолокационного поля ПВО страны, так и для автономного использования, в НИИ-244 разработали и ввели в РЛК:
— аппаратуру пеленгационных каналов (на основе разработки «Алтай-Э»);
— аппаратуру предварительной селекции эхо-сигналов, защиты от несинхронных импульсных помех, поступающих по боковым лепесткам;
— аппаратуру синхронизации для всех радиолокационных средств комплекса.
Кроме того, создали устанавливаемую на командном пункте узла аппаратуру синхронизации для всех его радиолокационных средств.
В узлах «Межа» (узел «Холм» так и не приняли на вооружение) практически впервые обработку данных автоматизировали за счет использования электронно-вычислительных машин. На командном пункте узла был предусмотрен полуавтоматический (при сложной воздушной обстановке и наличии помех) и автоматический (при более простой воздушной обстановке) ввод данных о координатах целей, выработанных радиолокационным комплексом, для обработки установленной на КП электронно-вычислительной машиной.
С помощью узла «Межа» решалась и новая задача — борьба с самолетами- постановщиками помех. Данные пеленга на самолет-постановщик помех, выработанные с помощью пеленгационных каналов трех разнесенных друг от друга РЛК, автоматически поступали на ЭВМ для определения координат помехоносителей методом триангуляции. По вычисленным координатам можно было и наводить истребители, и давать целеуказания ЗРК. Это был уже, по сути, многопозиционный комплекс с малой и большой базой.
Ввели также режим работы по обнаружению низколетящих целей или, как его называли, «режим В.Ф, Хотенко». Для организации этого режима дополнительно был встроен антенный коммутатор, коммутировавший два приемопередающих канала, работающих на разных частотах, на одно антенное полотно, на котором формировались специальные диаграммы. Это позволяло устранить интерферационные провалы вблизи земли. Дальномерные кабины и кабины радиовысотомеров устанавливали на специально разработанные для «Алтая» тридцатиметровые вышки.
