С завершением процесса христианизации и утверждением католицизма религиозно-идеологическая форма многих народных движений стала приобретать характер, сходный со средневековыми европейскими ересями. Возникали религиозные секты, использовавшие лозунги защиты «истинного христианского вероучения», призывы к «очищению веры», христианскому равенству и справедливости. Были широко распространены мессианские идеи и мистические пророчества. Преобладали мелкие, быстро распадавшиеся секты, которые объединяли обычно жителей нескольких соседних барангаев.
Монахи выступали наиболее активной силой при подавлении очагов народных волнений. Они держали при монастырях и в орденских асьендах специальные вооруженные отряды, которые использовались для усмирения крестьянских бунтов.
Пользуясь этнической разобщенностью населения, испанские власти формировали карательные отряды из самих филиппинцев. На Лусоне традиционно к подавлению народных восстаний привлекались представители отличавшегося воинственностью племени макабебе. На Висайях чаще всего участниками карательных экспедиций становились себуанцы.
В XVII в. подъем стихийной антиколониальной борьбы, обострившейся в 50—60-х годах, был связан с ухудшением положения народных масс в результате введения системы «поло» и «бандала». В 1649 г. было поднято восстание в пуэбло Палапаг на Самаре в ответ на приказ генерал-губернатора Фахар-до о наборе рабочих-полистас из жителей Висайских островов и отправке их на судостроительные верфи в Кавите. Восстанием руководил местный крестьянин Хуан Понсе Суморой. Восставшие убили приходского священника и нескольких монахов, руководивших набором рабочих, и ушли в горы, где выстроили хорошо защищенное укрепление. Испанцы захватили укрепление в горах и расправились с восставшими лишь в 1650 г. Вслед за тем были подавлены очаги волнений и на других островах.
В 1660 г. началось крупное восстание в Пампанге, жители которой в годы испано-голландских конфликтов больше всего пострадали от разорительных натуральных поставок и эксплуатации на принудительных отработках. Непосредственным поводом к выступлению послужило незаконное увеличение сроков барщинных работ по вырубке леса, который шел на строительство галионов. Восстание возглавил крестьянин-пампангак Франсиско Маньяго, сформировавший несколько вооруженных крестьянских отрядов. Восставшие, двинувшиеся на Манилу, были остановлены на подступах к столице и разбиты испанскими войсками и отрядами макабебе. Под влиянием событий в Пампанге начались крестьянские восстания в провинциях Пангасинан и Илокос. Они имели ярко выраженный антиколониальный и антимонашеский характер. Крестьяне убивали монахов, разрушали церкви, поджигали дома приходских священников. Руководители восстаний — крестьяне Андрес Малонг в Пангасинане и Педро Альмасан в Илокосе — объявили себя «королями» соответствующих провинций. В 1661 г. они были захвачены и казнены, после чего восстания пошли на убыль и были вскоре подавлены колонизаторами.
